معلومة

لماذا توجد جولتان من إزالة مثيلة السيتوزين في تطور الثدييات؟

لماذا توجد جولتان من إزالة مثيلة السيتوزين في تطور الثدييات؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أفترض أن المعنى البيولوجي الرئيسي لنزع مثيلة السيتوزين أثناء تطور السلالة الجرثومية في الخلايا السلفية للسلالة الجرثومية هو إعادة ضبط الجينات المطبوعة ومن ثم ضبط نمط المثيلة على هذه الجينات وفقًا لجنس الجنين. (هذا ببساطة أفضل تخميني ، لذا إذا كان هناك تفسير بديل ، فيرجى ذكره في الإجابة)

يعتبر إجراء إزالة الميثيل هذا أمرًا خطيرًا ، لأن نزع الميثيل من الحمض النووي يؤثر على الكثير من المناطق المختلفة ويتم إلغاء قمع بعض الترانسبونات. لذلك هناك خطر من إدخال الينقولات الجديدة. ومع ذلك ، نظرًا لأنه من المهم وضع البصمة في مجموعاتك الخاصة بشكل صحيح ، فإن الجنين يأخذ هذه المخاطرة.

لكني لا أفهم لماذا يحدث نزع الميثيل مرتين في تطور الثدييات. حسنًا ، الجولة الأولى ليست عميقة ، وأظن أن الينقولات ربما لم تتأثر كثيرًا خلال الجولة الأولى ، لذا فإن خطر إدخال الينقولات الجديدة ليس مرتفعًا. ومع ذلك ، بما أن إعادة ضبط علامات البصمة تحدث في الجولة الثانية على أي حال ، فلماذا يزعج الجنين في المرة الأولى على الإطلاق؟


الحدود في الخليةوعلم الأحياء التنموي

انتماءات المحرر والمراجعين هي الأحدث التي يتم توفيرها في ملفات تعريف بحث Loop وقد لا تعكس موقفهم في وقت المراجعة.


  • تحميل المادة
    • تحميل PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • تكميلي
      مادة
    • ملاحظة ختامية
    • مدير المراجع
    • ملف TEXT بسيط
    • BibTex


    مشاركه فى

    2060 أسئلة مسابقة علم الأحياء

    البروتينات:
    - البروتينات تخضع لعملية التجميع الذاتي & quot
    - يمكن للبروتينات المُحوَّلة أن تعود إلى شكلها الأصلي عن طريق إعادة التأهيل: الطي العفوي للبروتين / الببتيد
    - البروتينات عبارة عن بوليمرات أحماض أمينية
    - بينما يوجد ما يقرب من 60 من الأحماض الأمينية في الخلية ، يشارك 20 فقط في تخليق البروتين.
    - حقائق ممتعة: أصغر مجموعة R هي H على الجليسين. هذا يجعل الجليسين أصغر وأبسط حمض أميني.
    البرولين ليس في الواقع حمض أميني ، إنه حمض إيمينو.
    - بعد تصنيع البروتينات / الببتيدات ، يمكن تعديل وحدات الأحماض الأمينية الفرعية.
    - تحتوي الأحماض الأمينية على كربون ألفا مركزي ، ومجموعة أمينية ، ومجموعة كربوكسيل ، ومجموعة R.
    - تختلف مجموعات R لكل حمض أميني - بعضها كاره للماء والبعض الآخر محبة للماء.
    - تصنع البروتينات والببتيدات خطيًا في اتجاه & quotamino (N) إلى carboxyl (C) & quot ، حيث تكون النهاية الطرفية N هي البداية والنهاية الطرفية C هي النهاية!
    - تتم البلمرة من خلال تكوين روابط ببتيدية
    - يتم تثبيت روابط الببتيد بين اثنين من الأحماض الأمينية عن طريق روابط ثاني كبريتيد ، روابط هيدروجينية ، روابط أيونية ، وقوى فان دير فال.
    - تعتمد هياكل البروتين على تسلسل الأحماض الأمينية والتفاعلات العديدة بين الأحماض الأمينية.
    هناك أربعة مستويات من تنظيم بنية البروتين: الأساسي (الأحماض الأمينية المرتبطة ببعضها البعض عن طريق روابط الببتيد لتشكيل بولي ببتيد) ، والثانوي (يتم لف البولي ببتيد بعد ذلك في حلزون ألفا) ، والثالث (مناطق من اللولب ألفا مرتبطة ببعضها البعض تشكل البنية الثلاثية) ، والرباعية (اتحاد اثنين أو أكثر من عديد الببتيدات أثناء تفاعلها لتشكيل البروتين النهائي).

    احماض نووية:
    - الأحماض النووية عبارة عن بوليمرات خطية من النيوكليوتيدات
    - يختلف الحمض النووي والحمض النووي الريبي في الجزء الخامس من سكر الكربون الأساسي للنيوكليوتيدات ، حيث يحتوي الحمض النووي على H و RNA له OH.
    - يستخدم DNA لتخزين المعلومات الجينية ويشارك RNA في الاستفادة من المعلومات
    - يتكون النيوكليوتيد من قاعدة نيتروجينية (بورينات أو بيريميدين) ، و 5 سكر كربون أولي ومجموعة فوسفات
    - الأدينين والجوانين عبارة عن بورينات (حلقتان) والثايمين واليوراسيل والسيتوزين عبارة عن بيريميدين (حلقة واحدة).
    - يتكون الحمض النووي من & quot5 Prime إلى 3 & quot ؛ حيث تكون & quot5 Prime & quot النهاية هي البداية و & quot3 Prime & quot النهاية!
    - الأحماض النووية مرتبطة ببعضها البعض من خلال & quot3 Prime & quot ، بينما تتصل & quot5 Prime & quot نهاية العمود الفقري للفوسفوديستر.
    - الحمض النووي هو حلزون مزدوج تقطعت به السبل ، مع كل منعطف من اللولب يساوي 10 أزواج قاعدية.
    - يحتوي الحمض النووي على روابط هيدروجينية بين أزواج A-T وأزواج G-C من الخيوط المتقابلة
    - البشر لديهم عدد أكبر من أزواج جي سي من أزواج إيه تي.
    - أزواج G-C أكثر ثباتًا من أزواج A-T لأن لديهم ثلاثة روابط هيدروجينية مقابل اثنين.

    السكريات:
    - السكريات المتعددة عبارة عن بوليمرات من السكريات البسيطة مثل الجلوكوز.
    - السكريات المتعددة للتخزين ، مثل النشا (للنباتات) والجليكوجين (للحيوانات) وهيكل مثل السليلوز (في النباتات).

    2) حدود خارج الخلية
    - Plasmodesmata في الخلايا النباتية
    - المصفوفة خارج الخلية في الخلايا الحيوانية

    3) الريبوسومات
    - موقع تخليق البروتين ، الترجمة (مرنا إلى بروتين)
    - حر أو مرتبط بأغشية (شبكة إندوبلازمية خشنة: rER)
    - حقيقيات النوى: قطرها 30 نانومتر

    4) النواة
    - يقسم المادة الوراثية
    - موقع تخليق الحمض النووي (S)
    - موقع تخليق الحمض النووي الريبي (النسخ)
    - يحتوي على غشاء مزدوج ومسام نووية وكروماتين ونواة.

    5) نظام بطانة الرحم
    - سلسلة من الأغشية الداخلية تتكون من الشبكة الإندوبلازمية وجهاز جولجي والحويصلات. هذه مرتبطة من الناحية الهيكلية والوظيفية.
    - كل هذه الأغشية تصنع وتفرز البروتينات والكربوهيدرات و / أو الدهون

    6) الجسيمات الحالة
    - توجد الهيدرولازات (المحفزات الكيميائية الحيوية التي تستخدم الماء لتفكيك رابطة كيميائية) بشكل شائع في الجسيمات الحالة.
    - هضم وتخلص من البروتينات غير المرغوب فيها والحمض النووي والحمض النووي الريبي والكربوهيدرات والدهون. هذا هو السبب في أن الليزوزوم يُعرف عمومًا باسم مركز إعادة التدوير للخلية.

    7) البيروكسيسومات
    - توليد بيروكسيد الهيدروجين كمنتج ثانوي
    - يحفز الكاتلاز تحلل بيروكسيد الهيدروجين إلى الماء والأكسجين.

    8) البلاستيدات الخضراء
    - موقع البناء الضوئي

    9) الميتوكوندريا
    - يكون الغشاء الخارجي أصغر بكثير من الغشاء الداخلي ، مما يتسبب في ثني الغشاء الداخلي ، مما يؤدي إلى زيادة مساحة السطح. هذا يسمح بإنتاج الطاقة (ATP).


    أسئلة ممارسة منتصف الفصل 2

    أ) تسمح للكروموسومات بالتكثف قبل الانقسام.

    ب) تسمح للخلايا بتكرار العضيات وتصنيع سيتوبلازم إضافي.

    ج) تسمح بحدوث تكرار الكروموسوم.

    أ) الأنابيب الدقيقة القطبية التي تزيل البلمرة عند ارتباط الكروموسوم والأنابيب الدقيقة النجمية التي تتداخل وتطيل الخلية

    ب) أنابيب أستر الدقيقة التي تزيل البلمرة عند أقطاب المغزل والأنابيب الدقيقة الحركية التي تتداخل وتطيل الخلية.

    ج) Kinetochore microtubules التي تزيل البلمرة في بروتينات kinetochore والأنابيب الدقيقة القطبية التي تتداخل وتطيل الخلية.

    أ) التكاثر اللاجنسي لإنتاج مجموعة من الخلايا النسيلية.

    ج) التطور الجنيني والنمو

    - يجب تقسيم الكروماتيدات الشقيقة لكل كروموسوم مكرر في طور الطور وفصلها بالكامل إلى خلايا ابنة بواسطة التحريك الخلوي

    أ) يتم دائمًا تكرار الكروموسومات ، بينما لا يتم تكرار الكروموسومات.

    ب) الكروماتيد هو نصف كروموسوم مكرر ، في حين أن الكروموسوم يتكون من دنا ملفوف حول البروتينات بطريقة منظمة للغاية.

    ج) يتكون الكروماتيد دائمًا من جزيئين خطيين من الحمض النووي ، بينما يتكون الكروموسوم دائمًا من جزيء DNA خطي واحد فقط.

    أ) الجينات هي مادة بروتينات الدنا التي تشكل كروموسومات كاملة.

    ب) الكروماتين هو طول DNA في كروموسوم يرمز إلى بروتين أو RNA.

    ج) يتكون كل كروموسوم غير متماثل من كروماتيدات شقيقتين.

    أ) بروميثافيز: الكروموسومات تكمل هجرتها إلى منتصف الخلية.

    ب) طور الطور: فصل الكروماتيدات الشقيقة.

    ج) الطور: يتم تكرار الكروموسومات.

    أ) نقطة تفتيش G2: تم تكرار الكروموسومات بنجاح

    ب) نقطة فحص الطور الاستعرافي: الحمض النووي غير تالف

    ج) نقطة تفتيش S: الحمض النووي غير تالف.

    أ) واحدة فقط من خليتين ابنتيتين متطابقة وراثيا مع الخلية الأم.

    ب) إنها متطابقة وراثيا مع بعضها البعض ولكنها مختلفة عن الخلية الأم.

    ج) تختلف وراثيا عن بعضها البعض وعن الخلية الأم.

    أ) جزيئين منفرد تقطعت بهم السبل من الحمض النووي

    ب) جزيء DNA مزدوج الشريطة

    ج) اثنين من الكروموسومات ابنتهما

    أ) يحتوي الكروموسوم غير المرتبط على كروماتيد واحد

    ب) يحتوي الكروموسوم غير المتماثل على كروماتيدات أختين.

    ج) يحتوي الكروموسوم المنسوخ على كروماتيدات أختين.

    أ) تكرار الكروماتيدات الشقيقة

    ب) قطع الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل

    د) تفكيك الغلاف النووي

    أ) فصل الكروماتيدات الشقيقة في الانقسام الاختزالي الأول ، لأنه يقلل من عدد الكروماتيدات لكل كروموسوم

    ب) فصل المتماثلات في الانقسام الاختزالي الثاني ، لأنه ينتج خليتين ابنتيتين أحاديتين (ن) من خلية أب واحدة ثنائية الصبغة (2 ن)

    ج) فصل المتماثلات في الانقسام الاختزالي الأول ، لأنه ينتج خليتين ابنتيتين أحاديتين (ن) من خلية أب واحدة ثنائية الصبغة (2 ن)

    أ) أربعة جزيئات حلزونية مزدوجة من الحمض النووي ، والتي تتوافق مع أربعة كروموسومات غير متكررة

    ب) ثمانية جزيئات مزدوجة الحلزونية من الحمض النووي ، والتي تتوافق مع الكروماتيدات الشقيقة لأربعة كروموسومات مكررة

    ج) ثمانية جزيئات حلزونية مزدوجة من الحمض النووي ، والتي تتوافق مع أربعة كروموسومات غير متكررة

    أ) تحتوي الكروماتيدات الشقيقة على نفس الجينات ولكن أليلات مختلفة. تحتوي الكروموسومات المتجانسة على نفس الجينات ونفس الأليلات.

    ب) تحتوي الكروموسومات المتجانسة والكروماتيدات الشقيقة على نفس الجينات ونفس الأليلات.

    ج) تحتوي الكروموسومات المتجانسة على نفس الجينات ، ولكنها قد تحتوي على أليلات مختلفة. تحتوي الكروماتيدات الشقيقة على نفس الجينات ونفس الأليلات.

    أ) الفصل بين الكروماتيدات الشقيقة خلال الانقسام الاختزالي الثاني

    ب) عبور العبور خلال الانقسام الاختزالي أنا

    أ) تخصيب البويضة بأكثر من حيوان منوي.

    ب) الفصل غير الصحيح للكروموسومات المتجانسة أثناء الانقسام الاختزالي الثاني.

    ج) الفصل غير الصحيح للكروموسومات المتجانسة أثناء الانقسام الاختزالي الأول.

    أ) الكروموسومات المتشابهة التي توجد في أفراد مختلفين من نفس النوع

    ب) الكروموسومات المتشابهة في الحجم والشكل والمحتوى الجيني

    ج) أي كروموسوم في خلية ثنائية الصبغيات

    أ) النمط الجيني: 1/2 Rr: 1/2 rr النمط الظاهري: شامل

    ب) النمط الجيني: 1/2 Rr: 1/2 rr النمط الظاهري: 1/2 دائري: 1/2 متجعد

    ج) النمط الجيني: كل النمط الظاهري rr: كل التجاعيد

    أ) 1/8 SYA و 1/8 SYA و 1/8 SyA و 1/8 Sya و 1/8 sYA و 1/8 sYa و 1/8 SYA و 1/8 sya

    ب) 1/6 SYA و 1/6 SYA و 1/6 Sya و 1/6 sYa و 1/6 SYA و 1/6 sya

    أ) الأنماط الظاهرية للنسل

    ب) الأنماط الظاهرية لأمراس الوالدين.

    ج) الأنماط الجينية لأمراس الوالدين

    2) يوجد 12 كروماتيدات: صحيح

    3) يحتوي كل كروماتيد على جزيء واحد من DNA مزدوج الشريطة: صحيح

    4) يحتوي كل كروماتيد داخل كروموسوم على نفس مجموعة الجينات: صحيح

    2) تلتزم الخلية بالمرور عبر دورة الخلية

    4) Centrosome مكررات
    - حاجز G2

    5) تشكل كائنات المغزل الانقسامي
    - حاجز م

    2) ستساعد رموز الألوان في هذا النموذج في إظهار تشكيلة مستقلة: خطأ

    3) أثناء الطور الأول ، سيكون هناك أربعة أزواج من الكروموسومات (تترادس) محاذاة في لوحة الطور: صحيح

    4) يتم تكرار الكروموسومات في النموذج: صحيح

    5) في هذا النموذج ، تؤكد رموز الألوان على أن اثنين من الكروموسومات المتماثلة تحتوي على نفس الجينات: صحيح

    6) في هذا النموذج ، تؤكد رموز الألوان على أن اثنين من الكروموسومات المتماثلة تحتوي على الأليلات نفسها: خطأ


    2 آليات نزع الحمض النووي

    حتى الآن تم تحديد ثلاث آليات لإزالة الميثيل - نزع الميثيل النشط (مستقل عن النسخ المتماثل) ، ونزع الميثيل السلبي بوساطة TET (يعتمد على النسخ المتماثل) ، ونزع الميثيل 5mC (الشكل 1). على الرغم من أنه أقل رسوخًا ، وربما أقل انتشارًا من المسارين بوساطة TET ، إلا أن الأدلة تستمر في النمو مما يشير إلى وجود وأهمية نزع الأمين في تنظيم نزع الميثيل.

    2.1 5-ميثيل سيتوزين نزع الميثيل- تكرار مستقل

    في نزع الميثيل النشط "المستقل عن النسخ المتماثل" ، تؤكسد ثنائي أوكسجين TET بالتسلسل 5mC إلى 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) ، ثم إلى 5-formylcytosine (5fC) ، وأخيراً إلى 5-carboxylcytosine (5caC). يتم بعد ذلك إزالة 8-10 5fC و 5caC عن طريق إصلاح الختان الأساسي (BER) ، أي عن طريق جليكوزيلات الحمض النووي (الشكل 2). نتيجة لذلك ، فإن فقدان السيتوزين الميثلي لا يرجع إلى عدم وجود ارتباط لـ DNMT1-UHRF في عملية النسخ المتماثل (انظر أدناه) ، ولكن الختان المباشر من خلال BER. إن جليكوزيلاز الحمض النووي الرئيسي القادر على استئصال 5fC و 5caC المتولدة من TET هو TDG 9-11 بالإضافة إلى ذلك ، يمكن أن يزيل Nei-like 1 DNA glycosylase (NEIL1) أيضًا 5caC ، ولكن ليس 5fC. 12 ، 13 من الجدير بالذكر أن التكرار الجزئي لـ TDG و NEIL1 يبدو ذا صلة ميكانيكيًا ، حيث يتفاعل NEIL1 بشكل مباشر ويعزز نشاط TDG على 5caC. 13 عند إزالة 5fC و 5caC ، يتم شق apurinic / apyrimidinic / abasic الناتج (موقع AP) بواسطة نوكلياز AP ​​(APE) يتم ملء الفجوة المتبقية بواسطة بوليميريز DNA β وأخيراً يتم ختم النك بواسطة DNA ligase. 14

    هذا المسار مهم للغاية في التطور ، ويرجع ذلك على الأرجح إلى الحاجة إلى البرمجة السريعة لتغيرات الحالة الخلوية لالتزام المسار ، على سبيل المثال ، النخاع الشوكي مقابل اللمفاوي ، والقمة العصبية مقابل القمة العصبية. بعبارة أخرى ، هناك حاجة إلى إزالة الميثيل العدوانية لأن الخلايا تتكاثر بسرعة ولكنها أيضًا مرنة - وهي نقطة حرجة). الدليل الواضح على الأهمية التنموية لهذا المسار هو النمط الظاهري للفتك الجنيني للفئران الخالية من TDG. 15 ، 16

    2.2 نزع الميثيل 5-ميثيل سيتوزين - يعتمد على النسخ المتماثل

    أظهر توصيف وظيفة إنزيم TET والتوظيف أن العملية الأكثر شيوعًا لإزالة الميثيل مرتبطة بالنسخ المتماثل والتوسط من خلال التعبير الجيني وإعادة البرمجة عبر حالات النسخ. 17-19 النموذج على النحو التالي: (أ) يؤدي النسخ المتكرر للجينات إلى توظيف إنزيمات TET بواسطة عوامل النسخ (ب) تحفز إنزيمات TET أكسدة 5mC إلى 5hmC (ج) لا يتم التعرف على قواعد 5hmC بشكل جيد بواسطة DNMT1- مجمع UHRF ، الذي يستهدف الخيوط نصف الميثيلية العابرة ويمثلها بالكامل أثناء النسخ المتماثل (د) بعد الأكسدة ، يصبح الخيط مميثلًا بعد جولة واحدة من النسخ المتماثل ، ثم ينزع الميثيل تمامًا بعد جولتين من النسخ المتماثل. وبالتالي ، فإن آلية إزالة الميثيل هذه من المحتمل أن تكون انعكاسًا لنشاط النسخ ، بدلاً من تحريض النسخ في حد ذاته.

    يتوافق هذا النموذج مع حقيقة أن "جزر CpG" - مناطق غنية بـ CpG داخل الجين تعمل كعناصر رابطة الدول المستقلة في معززات الجينات - غير ميثيل إلى حد كبير ، أي أن الميثيل يتناسب عكسياً مع التعبير الجيني. وفقًا لذلك ، فإن دور إنزيمات TET في التوسط في نزع الميثيل السلبي مهم جدًا أثناء التمايز ، عند حدوث الكثير من أنشطة النسخ. من المحتمل أن يكون هذا بسبب الحاجة إلى الحفاظ على التزام النسب والمسار بمجرد إنشائه (أي ، بمجرد أن تتدحرج الكرة ، حافظ على الوتيرة لأن الخلايا تتكاثر بسرعة) ، كما هو الحال بالنسبة للتمايز بين أسلاف المناعة لتنضج الخلايا المناعية. تتمثل إحدى المشكلات المحتملة في هذا النموذج في أن نشاط DNMT1 يتأثر بحالة الأكسدة في الخيط الميثيل نصفي - نشاطه لا يتجاوز الثلث على Cs مقابل 5hmCs مقارنة بتلك Cs المقابلة لـ 5mC. 21

    2.3 نزع الأمين من السيتوزين و 5-ميثيل سيتوزين

    يعد نزع الأمين من السيتوزين أحد أكثر عمليات تعديل السيتوزين تميزًا ، ولكنه أقلها فهماً من حيث تدخل المسار. في حين من المعروف أن البيريميدينات عرضة لنزع الأمين العفوي ، 22 ، 23 فإن نزع الأمين الأنزيمي من السيتوزين يكون مدفوعًا بعائلة AID / APOBEC من deaminases ، مما يؤدي إلى تحويل السيتوزين إلى uracil وينتج عنه توليد عدم تطابق G: U. يمكن معالجة اليوراسيل الناتج في عدم تطابق G: U عن طريق أي من أربعة جليكوزيلات الحمض النووي BER: uracil DNA glycosylase (UDG ، المشفر بواسطة UNG) ، TDG ، مجال ربط الميثيل 4 (MBD4) ، و uracil DNA glycosylase أحادي الوظيفة الانتقائي (SMUG). بالإضافة إلى BER وحده ، يمكن إصلاح نزع أمين السيتوزين بطريقة منسقة عن طريق كل من إنزيمات BER وإصلاح عدم التطابق (MMR). يصف النموذج الذي اقترحه Girelli Zubani وآخرون شكلين محتملين من G: U MMR - (أ) استئصال القاعدة بوساطة غليكوزيلاز الحمض النووي وتشكيل النك عند عدم التطابق أو (ب) نشاط نوكلياز MLH1 / PMS2 بوساطة بعيدًا عن عدم التطابق. في كلتا الحالتين ، يتم التوسط في الإصلاح المعرض للخطأ بواسطة Polη و ExoI ، مما يؤدي في النهاية إلى حدوث طفرات A / T. يجادل المؤلفون بشكل مقنع بأن كلا العمليتين تساهمان بشكل متساوٍ حيث أن معدل طفرات A / T ينخفض ​​بشكل كبير فقط في Pms2-أونغ الفئران ذات الضربة القاضية المزدوجة ، مقارنة بالضربة القاضية الفردية. 24 يتم استخدام هذا النظام "المعرض للخطأ" بطريقة مضبوطة لتنويع ألفة الجسم المضاد أثناء تبديل الغلوبولين المناعي وفرط الطفرة الجسدية (SHM) ، وقد يشير الدور غير الأساسي لإصلاح DNA glycosylase إلى مشاركة مثيلة DNA. 24

    نزع الأمين له دور مهم بطبيعته في سياق مثيلة الحمض النووي. في الواقع ، ينتج عن نزع الأمين من 5mC الثايمين ، مما يؤدي إلى عدم تطابق G: T في سياق CpG. من المعروف أن اثنين فقط من الإنزيمات يقومان باستئصال الثايمين في هذا السياق الفريد ، TDG و MBD4. بينما يُعرف TDG بتسببه في النمط الظاهري المميت للجنين عند حدوث طفرة ، ودوره المحدد في إزالة الميثيل النشط ، 15 ، 16 Mbd4 تتطور الفئران الطافرة بشكل طبيعي ولا تظهر زيادة كبيرة في قابلية الإصابة بالسرطان 25-27 ومع ذلك ، لوحظ عدد متزايد من طفرات انتقال C إلى T في مواقع CpG ، أي CpG إلى CpA أو CpG إلى TpG ، كما هو متوقع بسبب عدم إصلاحه G: T عدم تطابق. 25 ، 26 بالإضافة إلى متى Mbd4 تم عبور الفئران المتحولة إلى الفئران المتحولة لجين مثبط الورم APC أو جين MMR Mlh1، ويلاحظ زيادة عبء الورم ومعدل تطور الورم. 25 ، 26 ، 28 يشير هذا إلى أن MBD4 قد تعمل كحلقة وصل محتملة بين نزع الأمين ونزع الميثيل.


    3 نزع ميثيل الحمض النووي

    وصف علماء الأحياء التطورية موجات إزالة ميثيل الحمض النووي على نطاق الجينوم والتي تحدث في السلالة الجرثومية وفي مراحل التطور الجنيني المبكرة (الشكل 3) ، ومع ذلك ، فإن العملية التي يتم من خلالها محو مثيلة الحمض النووي كانت بعيدة المنال. الاكتشافات الحديثة ، الموصوفة في ثوان. 3.2 و 3.3 ، طورت فهمنا لعملية إزالة ميثيل الحمض النووي.

    3.1 نزع الميثيل النشط والسلبي أثناء التطوير

    تمت إعادة برمجة جينوم الثدييات خلال التطور المبكر عن طريق كل من عمليات إزالة ميثيل الحمض النووي النشطة والسلبية (Wu and Zhang 2010). يشير نزع ميثيل الحمض النووي النشط إلى عملية إنزيمية تؤدي إلى إزالة مجموعة الميثيل من 5mC. في المقابل ، يشير نزع الميثيل السلبي في الحمض النووي إلى نقص مثيلة الصيانة خلال الجولات المتعاقبة لتكرار الحمض النووي إما في غياب Dnmt1 أو بسبب تثبيطه (الشكل 2). أظهر التحصين المناعي باستخدام جسم مضاد لـ 5mC في البداية أن مستويات 5mC من جينوم الأم مرت بعملية تخفيف تعتمد على النسخ المتماثل (أي نزع الميثيل السلبي) أثناء تطوير ما قبل الزرع (Rougier et al.1998). في المقابل ، تنخفض مستويات 5mC من جينوم الأب بشكل كبير بعد ساعات قليلة من الإخصاب (الشكل 3) (Mayer وآخرون 2000). أكد تسلسل بيسلفيت أن بعض التسلسلات المتكررة ، ولكن ليس الجينات المطبوعة ، من جينومات الأب قد تم بالفعل إزالة الميثيل منها (أوزوالد وآخرون ، 2000). نظرًا لعدم حدوث أي تكرار للحمض النووي خلال هذه الفترة ، فإن فقدان 5mC في جينوم الأب يعتبر "نشطًا".

    مكان آخر حيث لوحظ فقدان شامل لـ 5mC هو الخلايا الجرثومية البدائية (PGCs). في المرحلة الجنينية E7.5 ، يتم تحديد مجموعة فرعية من خلايا الأديم الخارجي الخلفي لتصبح الخلايا الجرثومية الأولية. في بداية مواصفاتها وكذلك أثناء الهجرة نحو التلال التناسلية ، يُعتقد أن الخلايا الجرثومية الأولية لها نفس العلامات اللاجينية مثل خلايا الأديم الخارجي الأخرى. ومع ذلك ، بحلول الوقت الذي وصلوا فيه إلى الحافة التناسلية عند E11.5 ، تم محو العديد من العلامات فوق الجينية بما في ذلك مثيلة الحمض النووي (Hajkova et al.2002 Yamazaki et al.2003). نظرًا لأن الخلايا الجرثومية الأولية قد خضعت لعدة دورات خلوية في وجود Dnmt1 أثناء هذه العملية ، فمن المرجح أن يكون فقدان مثيلة الحمض النووي نشطًا. أيضًا ، نظرًا لأن مثيلة الحمض النووي للجينات المطبوعة تم محوها أيضًا خلال هذه الفترة ، يُعتقد أن أنماط مثيلة الحمض النووي يتم إعادة ضبطها أثناء تطور الخلايا الجرثومية (Sasaki and Matsui 2008).

    تم الإبلاغ عن إزالة ميثيل الحمض النووي النشط في الخلايا الجسدية بطريقة خاصة بالموقع. على سبيل المثال ، تخضع الخلايا اللمفاوية التائية المنشطة لنزع الميثيل النشط في انترلوكين 2 منطقة المروج-المحسن في غياب تكرار الحمض النووي خلال 20 دقيقة من التحفيز (Bruniquel and Schwartz 2003). بالإضافة إلى ذلك ، يحدث نزع الميثيل الخاص بالموقع عند محفز عامل التغذية العصبية المشتق من الدماغ (بدنف) في الخلايا العصبية المزيلة للاستقطاب (Martinowich وآخرون 2003) ، وللمواضع الأخرى أثناء التنشيط الجيني المنظم للهرمون النووي (Kangaspeska et al. 2008 Metivier et al. 2008). علاوة على ذلك ، يحدث نزع ميثيل الحمض النووي الخاص بالموضع في محفزات Oct4 و Nanog عندما يتم دمج خلايا ES في الفئران مع الخلايا الليفية البشرية (Bhutani et al. 2010). نظرًا لعدم حدوث تكرار للحمض النووي في العمليات الموضحة أعلاه ، يُعتقد أن نزع ميثيل الحمض النووي النشط مسؤول عن فقدان مثيلة الحمض النووي.

    3.2 أكسدة 5mC رباعي

    دفعت الملاحظات الموصوفة أعلاه إلى البحث عن مزاعم ميثيلاز الحمض النووي المفترضة. كانت معظم الدراسات المبكرة غير حاسمة في تحديد الإنزيم (الإنزيمات) المفترض أو توضيح آلية إزالة الميثيل (Ooi and Bestor 2008 Wu and Zhang 2010). تغير هذا الموقف مع تحديد 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) كقاعدة حسنة النية للحمض النووي الجيني للثدييات (Kriaucionis and Heintz 2009 Tahiliani et al. 2009) وإثبات أن بروتينات Tet مسؤولة عن تحويل 5mC إلى 5hmC (الشكل 6) (Tahiliani وآخرون 2009 Ito وآخرون 2010). تم وصف هذا الاكتشاف الأولي في المقالة التي كتبها Skirmantas و Tahiliana (هذه المجموعة).

    نموذج لمسارات إزالة ميثيل الحمض النووي التي تبدأ بـ Tet. يتم إنشاء وصيانة مثيلة الحمض النووي (5mC) بواسطة DNMT. يمكن أن تتأكسد 5mC بواسطة عائلة Tet من dioxygenases لتوليد 5hmC ، 5fC ، و 5caC. نظرًا لأن مشتقات 5mC المؤكسدة لا يمكن أن تكون بمثابة ركائز لـ DNMT1 ، يمكن فقدها عن طريق نزع الميثيل السلبي المعتمد على النسخ المتماثل. يمكن نزع 5hmC بواسطة AID / APOBEC ليصبح 5hmU ، والتي يمكن استئصالها مع 5fC و 5caC بواسطة glycosylases مثل TDG ، متبوعًا بإصلاح الحمض النووي لتوليد C.

    باستخدام فحوصات كروماتوغرافيا الطبقة الرقيقة ومقايسات قياس الطيف الكتلي ، وجد أن 5hmC وفير نسبيًا في الخلايا العصبية Purkinje وخلايا الفئران ES (Kriaucionis and Heintz 2009 Tahiliani et al.2009). الأهم من ذلك ، تبين أن بروتين TET1 البشري قادر على تحويل 5mC إلى 5hmC بطريقة تعتمد على الحديد و 2-oxoglutarate (Tahiliani et al.2009). يتم حفظ هذا النشاط الأنزيمي في جميع بروتينات عائلة Tet الثلاثة (الشكل 7) (Ito et al. 2010). بناءً على الكيمياء المماثلة بين أكسدة 5mC المحفزة بـ Tet وأكسدة الثايمين المحفزة بواسطة هيدروكسيلاز ، تم اقتراح أن أكسدة 5mC بوساطة Tet يجب أن تكون قادرة على المضي قدمًا لتوليد 5-فورميل سيتوزين (5fC) و 5-carboxylcytosine (5caC) ( الشكل 6) (Wu and Zhang 2010). تم عرض هذا النشاط المقترح تجريبياً في كل من المختبر والحي (He et al. 2011 Ito et al. 2011). أشار تحليل قياس الطيف الكتلي إلى أن 5hmC و 5 fC موجودان على نطاق واسع في الحمض النووي الجيني لمختلف الأنسجة وأنواع الخلايا (Ito et al. 2011 Pfaffeneder et al. 2011) ، بينما يبدو أن وجود 5caC محدود أكثر (He et al. 2011 إيتو وآخرون 2011). بشكل جماعي ، يمكن لبروتينات Tet أكسدة 5mC ليس فقط إلى 5hmC ، ولكن أيضًا إلى 5fC و 5caC.

    هيكل المجال لبروتينات عائلة تيت الماوس. المخططات التخطيطية لهياكل المجال المحفوظة المتوقعة في بروتينات Tet الثلاثة للماوس. تشمل المجالات المحفوظة مجال ربط الزنك CXXC ، والمجال الغني بالسيستين ، والحلزون المزدوج الذي تقطعت به السبل (DSBH) الموجود في أعضاء بروتينات عائلة ديوكسيجيناز الفائقة. لقد ثبت أن كلا من مجالات Cys-rich و DSBH تعتبر حاسمة للنشاط الأنزيمي. تشير الأرقام إلى أرقام الأحماض الأمينية.

    3.3 نزع ميثيل الحمض النووي رباعي النواة

    الأكسدة التكرارية بوساطة Tet لـ 5mC الموصوفة في Sec. 3.2 (الشكل 6) ، قد يساهم في التغييرات الديناميكية في المستويات العالمية أو الخاصة بالموقع من 5mC (Wu and Zhang 2011). من المتوقع أن يحظر تحويل 5mC إلى 5hmC صيانة أنماط مثيلة الحمض النووي الحالية نظرًا لأن Dnmt1 لا يتعرف على 5hmC أثناء تكرار الحمض النووي (Valinluck and Sowers 2007) ، مما يؤدي إلى إزالة ميثيل الحمض النووي السلبي أثناء انقسام الخلية. بالإضافة إلى ذلك ، قد تعمل منتجات الأكسدة 5mC 5fC و 5caC كوسائط لنزع ميثيل الحمض النووي النشط حيث يمكن شق كليهما بواسطة جليكوزيلاز الحمض النووي الثايمين (TDG) (He et al. 2011 Maiti and Drohat 2011). أثارت هذه الدراسات احتمال أن تكون أكسدة 5mC بوساطة Tet متبوعة باستئصال TDG بوساطة 5fC / 5caC وإصلاح استئصال القاعدة (BER) قد يكون أحد مسارات إزالة الميثيل النشط للحمض النووي (الشكل 6). تمشيا مع هذا ، يؤدي تعطيل جين Tdg في الفئران إلى زيادة مثيلة الحمض النووي في مواضع جينية معينة (Cortazar et al. 2011 Cortellino et al. 2011). في النباتات ، تكون آلية BER المماثلة التي بدأها الغليكوزيلاز مسؤولة عن إزالة ميثيل الحمض النووي من خلال أعضاء مثبط لإسكات 1 (ROS1) / عائلة Demeter المكونة من 5mC glycosylases (Zhu 2009). هناك حاجة إلى مزيد من الدراسات للتأكد من الآليات الموجودة في الجسم الحي لنزع ميثيل الحمض النووي النشط أو السلبي التي تعمل في المواقع المختلفة والمناطق الجينومية ، وفي أنواع الخلايا المختلفة ، وفي مراحل مختلفة من التطور. تم البدء في إنشاء اللاعبين المشاركين في إزالة ميثيل الحمض النووي الجنيني المبكر كما هو موضح في Sec. 4.4

    3.4 نزع الميثيل بوساطة Tet في الملقحات والأجنة قبل الغرس

    إن اكتشاف أن بروتينات Tet قادرة كيميائيًا على أكسدة 5mC جعل من الممكن اختبار البروتين الذي قد يكون مسؤولاً عن فقدان 5mC في جينوم الأب في الزيجوت. كشفت المناعية أن الانخفاض في تلطيخ 5mC في النواة الأبوية في الزيجوت يتزامن مع ظهور 5hmC / 5fC / 5caC (Gu et al. 2011 Inoue et al. 2011 Iqbal et al. 2011 Wossidlo et al. 2011). أظهرت الدراسات أن Tet3 يتم التعبير عنه بشكل كبير في البيضة الملقحة ، وأن الضربة القاضية الصغيرة بوساطة RNA أو الحذف المستهدف يلغي أكسدة 5mC ، مما يدعم فكرة أن Tet3 مسؤول عن أكسدة 5mC في البيضة الملقحة (Gu et al. 2011 Wossidlo et al. 2011) .

    يستمر المظهر غير المتماثل لـ 5hmC في الكروموسومات المشتقة من الحيوانات المنوية في أجنة ذات مرحلتين من الخلايا ، ويتناقص تدريجياً حتى مرحلة التوتية (Inoue and Zhang 2011). يشير هذا إلى أن 5hmC لا تتم إزالته بسرعة على نطاق الجينوم ، بل يتم فقده عن طريق التخفيف المعتمد على النسخ المتماثل "السلبي". كما تم الحصول على نتائج مماثلة لـ 5fC و 5caC (Inoue et al. 2011). لذلك ، يبدو أن التغييرات الديناميكية في 5mC أثناء عملية الزرع تتضمن عمليات "سلبية" و "نشطة": يتم تخفيف مثيلة الحمض النووي في جينوم الأم "بشكل سلبي" من خلال النسخ المتماثل ، و 5 mC في جينوم الأب يمر أولاً من خلال أكسدة Tet3 بوساطة عملية في البيضة الملقحة تليها عملية تخفيف تعتمد على النسخ المتماثل "السلبي" (الشكل 3). الأهمية البيولوجية للأكسدة المحفزة Tet3 في الملقحات غير معروفة حاليًا ، ويبقى أن نرى ما إذا كانت المواقع الفردية تتوافق مع هذا الاتجاه العام.


    ميثيلات الحمض النووي الريبي الأخرى

    قد يساهم وجود ما لا يقل عن ستة ميثيلات رنا مفترضة أخرى m 5 C في الثدييات في التداخل العام المتواضع بين مواقع مثيلة السيتوزين 5 الخاصة بـ NSun2 و Dnmt2 وميثيلوم الميثيلوم واسع النطاق للنسخة [18 ، 23 ، 24]. من المتوقع أن تقوم الإنزيمات الإضافية NSun1 و NSun3-7 [56] بميثيل الحمض النووي الريبي بناءً على الحفظ المتسلسل للمخلفات التحفيزية الرئيسية. على الرغم من أن خصائص الركيزة لهذه الإنزيمات غير معروفة ، تم تحديد NSun1 و NSun5 ، بالإضافة إلى NSun2 ، كبروتينات مرتبطة بـ mRNA [57]. الوظائف البيولوجية لعائلة البروتين NSun غير معروفة إلى حد كبير ، على الرغم من التعبير عنها جميعًا أثناء تكوين الجنين لدى الفأر [58]. يتم إثراء نصوص NSun2-7 في تطور الدماغ ، وهو ما يتوافق مع الدور المقترح في التطور الإدراكي العصبي [58].

    تشير المعلومات المحدودة التي لدينا حول الأدوار الوظيفية لبروتينات NSun إلى دور أساسي في مجموعة واسعة من العمليات البيولوجية والأمراض البشرية. NSun1 (يسمى أيضًا NOP2 أو p120) هو بروتين نووي متورط في مثيلة الرنا الريباسي والتكوين الحيوي. لقد ثبت أنه ينظم دورة الخلية ويشارك في تكوين الأورام [59-64]. ما إذا كان النشاط الأنزيمي لـ NSun1 مطلوبًا بشكل مباشر للتوسط في هذه العمليات الخلوية لا يزال غير واضح. يتفاعل NSun4 مع عامل إنهاء نسخ الميتوكوندريا 4 (MTERF4) للتحكم في التكوُّن الحيوي للريبوزوم في الميتوكوندريا وترجمته [65 ، 66]. ال NSUN5 يقع الجين في منطقة الجينوم المحذوفة في المرضى الذين يعانون من متلازمة ويليامز بورين ، وهو اضطراب نمو عصبي نادر [67]. المرضى الذين يعانون من متلازمة ويليامز بورين يظهرون إعاقة ذهنية وتأخرًا في النمو ، بالإضافة إلى تشوهات القلب والأوعية الدموية القلبية والوجهية [68]. سواء حذف NSUN5 يساهم بشكل مباشر في هذه الأعراض غير معروف. الطفرات في NSUN7 يسبب الجين العقم في الفئران بسبب ضعف حركة الحيوانات المنوية [69]. لا يوجد شيء معروف فيما يتعلق بوظائف بروتينات NSun3 و NSun6.

    معًا ، يوفر تسلسل RNA bisulfite و m 5 C-RIP و Aza-IP و miCLIP أدوات قوية لتحديد الركائز الميثيلية لجميع أفراد عائلة بروتين NSun. سيساعد هذا في تقديم صورة أكثر تفصيلاً وغنية بالمعلومات لمنظر طبيعي على مستوى ميثيلومي م 5 ج.


    دعم المعلومات

    S1 التين. الملامح الأيضية للخلايا التي تعبر عن NSUN2 وتفقدها.

    (أ) تمثيل تخطيطي لتمايز الخلايا الجذعية في غياب أو وجود NSUN2. (ب) تعبير العلامة والاختلافات الخلوية في بصيلات الشعر التي تعبر عن NSUN2 أو تفتقر إليه. (C) استخدام البوابات لفرز قياس التدفق الخلوي للخلايا الجذعية BG (ITGA6 high / CD34 +) في telogen (P49) من النوع البري و NSUN2/ الفئران. (د) البوابات المستخدمة لفرز قياس التدفق الخلوي لخلايا السلف HG (ITGA6 low / PCAD +) في telogen (P49) من النوع البري و NSun2/ الفئران. (E ، F) Log2 FC (E) وفئات علم الوجود الجيني (F) من الجينات المعبر عنها التفاضلية المدمجة (FDR & lt 0.05) في مجموعات طور النمو والسلف (ITGA6 منخفضة / PCAD +) من جلد NSUN2 + / + و / الفئران. (G) التمثيل التخطيطي للمثيلة المعتمدة على NSUN في السيتوزين -5. (H) نظرة عامة على شبكة التمثيل الغذائي للكربون الواحد. (I-N) الفروق الأيضية بين NSUN2 + / + و NSUN2/ الفئران المتعلقة بدورة الميثيونين (I ، L) ، والأحماض الأمينية الحرة (J ، M) ، والنيوكليوتيدات الحرة (K ، N) المقاسة بواسطة التنميط الأيضي المستند إلى NMR (I-K) أو المستندة إلى MS (L-N) (ن = 3-5 فئران). (O) نموذج لكيفية تغيير توازن البروتين في التوازن بين تخليق البروتين وتدهوره في NSUN + / + (اللوحة العلوية) و NSUN2/ (اللوحة السفلية) الخلايا. يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الشكل في S2 Data و S1 File. BG ، انتفاخ DP ، الجلد الحليمي FC ، FDR المتغير ، معدل الاكتشاف الخاطئ HG ، جرثومة الشعر IFE ، البشرة بين الجريبات ITGA6 ، إنتجرين ألفا 6 MS ، مطياف الكتلة NMR ، الرنين المغناطيسي النووي PCAD ، P-cadherin SAH ، S-adenosyl -هوموسيستين SAM ، إس-أدينوسيل-ميثيونين إس جي ، الغدة الدهنية.

    S2 Fig. إنقاذ لفقدان NSUN2 عن طريق إعادة التعبير عن البروتين الميت من النوع البري أو الأنزيمي.

    (أ ، ب) الجينات المعبر عنها تفاضليًا في NSUN2−/ مقارنة ب NSUN2+ / + الخلايا (أ) و نسون 2 مستويات الحمض النووي الريبي في NSUN2+/+, +/، و / الخلايا (ب) المقاسة بتسلسل الحمض النووي الريبي. (ج ، د) ملف تعريف النسخ NSUN2−/ الخلايا التي تفرط في التعبير عن بروتين NSUN2 لا تتغير إلى حد كبير (C) على الرغم من ذلك نسون 2 يتم التعبير عنه بدرجة عالية (D). التعبير عن المتجه الفارغ ("e.") كان بمثابة عنصر تحكم. (هـ) مخطط فين للجينات المعبر عنها تفاضليًا (صصفة & لتر 0.01) في NSUN2−/ مقابل + / + مقارنة بالخلايا التي تم إنقاذها من NSUN2. (F) اثنان من كل ثلاثة مكررات لمحات متعددة باستخدام NSUN2+ / + و / الخلايا. (G) التمثيل التخطيطي لتأسيس OP-puro في ترجمة الريبوسومات بنشاط. OP-puro يحاكي جزيء الحمض الريبي النووي النقال المحمل بالأسيل. (ح) مثال على مخرجات البيانات الخام من تحليل مضان OP-puro باستخدام مقياس التدفق الخلوي. عمل CHX كعنصر تحكم. (1) تخليق البروتين الذي تم قياسه من خلال دمج OP-puro في NSUN2+ / + و / الخلايا بعد الحضانة بمثبطات الأنجيوجينين (ANGi). (J) لطخة غربية لـ NSUN2 وتوبيولين بعد الحضانة بـ 500 أو 1000 نانومتر RAPA لمدة 12 أو 24 ساعة (ساعة). (K) القياس الكمي لتعبير البروتين الموضح في (J). (L) تخليق بروتين De novo في NSUN2+ / + و / بعد الحضانة باستخدام RAPA أو CHX. خدم DMSO كجهاز تحكم في السيارة (J-L). (م ، ن) الاختلافات الأيضية NSUN2−/ الخلايا التي تم إنقاذها باستخدام المتجه الفارغ ("e.v.") ، أو K190M ، أو بروتين NSUN2 الذي يظهر كمخطط PCA (M) أو كسجل2 اختلافات FC من اختلاف كبير (ص & lt 0.01 NSUN2 مقابل e.v.) نواتج الأيض (N). يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الرقم في S4 و S7 Data و S1 File. CHX ، cycloheximide OP-puro ، O-propargyl-puromycin PCA ، تحليل المكون الأساسي RAPA ، rapamycin tRNA ، نقل الحمض النووي الريبي.

    S3 Fig. ينظم NSUN2 مراحل دورة الخلية وتخليق البروتين الشامل أثناء استجابة الإجهاد الخلوي.

    (أ) مثال على مخرجات البيانات الخام من تحليل مضان OP-puro باستخدام مقياس التدفق الخلوي للأرومات الليفية الجلدية البشرية المعالجة بأرسينايت الصوديوم. يمثل الخط المنقط المستوى المتوسط ​​للتحكم الإيجابي لـ OP-puro. (ب) الكشف عن التألق المناعي لتأسيس OP-puro في الخلايا الليفية الجلدية البشرية. DAPI: مضاد نووي. شريط النطاق: 20 ميكرومتر. (ج) قياس شدة التألق OP-puro في الخلايا باستخدام الصور المكتسبة بالمجهر. كل نقطة تمثل خلية واحدة. يتم تمثيل البيانات كمتوسط. (د) النسخ المتماثل الثاني للتنميط متعدد الجوانب NSUN2+ / + و NSUN2−/ الخلايا التي تم إنقاذها بالوزن أو NSUN2 المتحور (K190M). المتجه الفارغ ("e.V") - تعمل الخلايا المصابة كعنصر تحكم (انظر الشكل 3F – 3I). (هـ) مثال على إخراج البيانات الخام من تحليل AnV و PI لقياس موت الخلية. (F ، G) النسبة المئوية للخلايا القابلة للحياة أو موت الخلايا المبرمج أو النخرية فيها NSUN2+ / + و NSUN2−/ تعرض الخلايا لزرنيخ الصوديوم للساعات المحددة (ساعة) (ن = 3 عينات لكل نقطة زمنية). (H) ملخص لتوزيع دورة الخلية كما هو موضح في الشكل 3A - 3D. البيانات ممثلة بالمتوسط ​​في (K-H). أشرطة الخطأ هي ± SD. يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الشكل في ملف S1. AnV ، AnnexinV OP-puro ، O-propargyl-puromycin PI ، وزن يوديد البروبيديوم ، النوع البري.

    S4 الشكل. تتغير مستويات مثيلة الحمض النووي الريبي ديناميكيًا استجابةً للإجهاد التأكسدي.

    (أ) الكشف عن التألق المناعي لعلامات حبيبات الإجهاد eIF4A1 (الألواح العلوية) و p-eIF2A (الألواح السفلية) في المعالجة غير المعالجة (التحكم) أو زرنيخ الصوديوم المعالج NSUN2+ / + و NSUN2−/ الخلايا. DAPI: مضاد نووي. مقياس ، 20 ميكرومتر. (ب) نسون 2 مستويات الحمض النووي الريبي استجابة للتعرض للأشعة فوق البنفسجية في الخلايا الكيراتينية البشرية الأولية والأرومات الليفية الجلدية. (C) لطخة غربية لـ NSUN2 في NSUN2+ / + و / الخلايا المحتضنة مع التحكم في السيارة (DMSO ، PBS). (د) مخطط تجريبي لجمع العينات وتسلسل RNA BS. (E ، F) التحديد الكمي لنسبة مثيلة الحمض الريبي النووي النقال للمواقع المعتمدة على NSUN2 (E) والمواقع المستقلة (F) في تجربة مستقلة ثانية (ن = 5 عينات لكل نقطة زمنية). (G) بيانات RNA BS-seq المستقلة الثانية تظهر كخريطة حرارة لحالة المثيلة لجزيئات الحمض الريبي النووي النقال الفردية في NSUN2+ / + و NSUN2−/ الخلايا. (H ، I) التحديد الكمي لتغييرات المثيلة في الحمض الريبي النووي النقال Leu CAA و Asp GTC في NSUN2+ / + و NSUN2−/ الخلايا الموضحة في (E). البيانات ممثلة كمتوسط ​​في (E ، F ، H ، I). اتجاه واحد ANOVA المعدل ص-قيمة (H، I) **ص & lt 0.005 ، ***ص & lt 0.0005 ****ص & lt 0.0001. يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الرقم في S8 Data و S1 File. BS ، bisulfite BS-seq ، BS تسلسل eIF2 ، عامل بدء حقيقيات النوى 2 tRNA ، نقل الحمض النووي الريبي.

    S5 الشكل. المستويات الديناميكية لـ NSUN2 و tRFs والمثيلة استجابة للإجهاد.

    (أ) إعادة التعبير عن NSUN2 ولكن ليس K190M في NSUN2−/ تعيد الخلايا المثيلة إلى مستويات مماثلة من NSUN2 الذاتية (NSUN2+ / +). (ب) لطخة غربية لـ NSUN2 في NSUN2−/ الخلايا المصابة بعنصر تحكم ناقل فارغ ("E.") ، أو K190M الميت الأنزيمي ، أو بنية NSUN2 من النوع البري في الخلايا غير المعالجة (0) أو المعالجة لمدة ساعتين و 4 ساعات (ح) باستخدام زرنيخ الصوديوم. خدم HSP90 كعنصر تحكم في التحميل.(C) البيانات الأولية (القراءات) للـ tRNAs المشار إليها التي تم الحصول عليها من تسلسل الحمض النووي الريبي الصغير في التعبير عن NSUN2 (+ / + الأسود) أو - الافتقار (/ أحمر) غير معالج (0 ساعة) أو (ح) يعالج 2 و 4 ساعات بالزرنيخ. (D ، E) مستويات الميثيل (مجمعة من 5 مكررات) من السيتوزينات على طول الحمض النووي الريبي 71-Leu CAG (C) و 1-His GTG (F) يكتشف مواقع m 5 C ، في الحلقة المتغيرة (D) و C70 (E) . يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الرقم في S10 Data و S1 File. HSP90 ، بروتين الصدمة الحرارية 90 م 5 ج ، 5 ميثيل سيتوزين tRF ، جزء مشتق من الحمض النووي الريبي tRNA ، نقل الحمض النووي الريبي.

    شكل S6: تشكل الميثلة الخاصة بالموقع تشكيل tRF لتنظيم تخليق البروتين.

    (A-C) مقارنة بين مثيلة الحمض الريبي النووي النقال الخاصة بالموقع والتجزئة في NSUN2+ / + (أحمر) و NSUN2−/ خلايا (زرقاء). (ن = 4 عينات لكل نقطة زمنية). تمثل البيانات الوسيط والمدى. معدلة ص-القيمة: اتجاه واحد ANOVA. **ص & lt 0.005 ، ***ص = 0.0005. (D) Log2 FC من tRFs الخاضعة للتنظيم السفلي عندما تتعرض خلايا NSUN2-overexpressing للضغط لمدة 4 ساعات. يتم تمييز tRFs المشتق من الحمض الريبي النووي النقال ليسين في tRFs الأحمر الحمض الريبي النووي النقال المشتقة من الهيستيدين مظللة باللون الأزرق. يشير الخط إلى المتوسط. (هـ) نظام العلاج لقياس تخليق البروتين العالمي NSUN2+ / + و / الخلايا المنقولة بواسطة tRNA Glu CTC - المستمدة من 5 ′ و 3 tRFs بعد التعرض لزرنيخ الصوديوم. (F ، G) السجل2 FC من تخليق البروتين في NSUN2+ / + (F) و NSUN2−/ (G) ردا على الاصطناعية 5 ′ أو 3 tRFs. (ن = 3 عينات لكل نقطة زمنية). (ح) تم استخدام مضان سيرنا كعنصر تحكم لكفاءة تعداء. يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الشكل في بيانات S11 و S12 وملف S1. FC ، سيرنا المتغير القابل للطي ، RNA tRF الصغير المتداخل ، جزء مشتق من الحمض الريبي النووي النقال (tRNA) ، نقل الحمض النووي الريبي (RNA).

    S7 الشكل. يتم تقليل نشاط الميتوكوندريا وتعزز مسارات تقويضية في غياب NSUN2.

    (أ ، ب) نشاط الميتوكوندريا ("ميتو") وتخليق البروتين ("OP-puro") بعد التعرض للزرنيخ في الوقت المحدد (ساعات) أو CHX في NSUN2+ / + (أ) و NSUN2−/ (ب) الخلايا. (C) GO تحليلات باستخدام بيانات Ribo seq بتنسيق NSUN2−/ تم إنقاذ الخلايا باستخدام NSUN2 أو الإصدارات الأنزيمية الميتة من NSUN2 C321A (اللوحة اليسرى) و C271A (اللوحة اليمنى). (D ، E) مؤامرة PCA (D) وخريطة الحرارة (E) للجينات التي تنتمي إلى GO: عملية تقويضية mRNA المنسوخة نوويًا ، تسوس بوساطة هراء. يمكن العثور على البيانات الأساسية لهذا الرقم في S15 Data و S1 File. CHX ، سيكلوهكسيميد GO ، علم الوجود الجيني OP-puro ، O-propargyl-puromycin PCA ، تحليل المكون الأساسي ، التسلسل.

    بيانات S1. مجموعة بيانات كاملة مصفوفة من جلد الفأر.

    بيانات S2. البيانات الأولية لقياس الطيف الكتلي.

    S2A: بيانات قياس الطيف الكتلي للأرومات الليفية الجلدية البشرية S2B: بيانات قياس الطيف الكتلي لجلد الفأر S2C: بيانات الرنين المغناطيسي النووي لجلد الفأر. الرنين المغناطيسي النووي ، الرنين المغناطيسي النووي.

    بيانات S3. عديد ر اختبار المستقلبات الموضحة في الشكل 1I - 1K.

    بيانات S4. بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي.

    S4A: بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي لـ NSUN2+/+, NSUN2+/و سطرين من NSUN2−/ الخلايا الليفية الجلدية البشرية. S4B: بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي NSUN2−/ الخلايا التي تعيد التعبير عن بروتين NSUN2 أو المتجه الفارغ كعنصر تحكم.

    بيانات S5. تسلسل الحمض النووي الريبي بيسلفيت NSUN2−/− تم إنقاذ الخلايا باستخدام بنية NSUN2 من النوع البري أو بناء NSUN2 الميت الأنزيمي K190M ، والمتجه الفارغ كعنصر تحكم.

    بيانات S6. انقاذ تسلسل الحمض النووي الريبي الصغيرة NSUN2−/− الخلايا التي تستخدم النسخة الميتة من النوع البري أو الأنزيمية من NSUN2 أو المتجه الفارغ كعنصر تحكم.

    بيانات S7. بيانات مطياف الكتلة للإنقاذ NSUN2−/− الخلايا التي تستخدم النسخة الميتة من النوع البري أو الأنزيمية من NSUN2 أو المتجه الفارغ كعنصر تحكم.

    بيانات S8. بيانات تسلسل RNA BS.

    S8A: المواقع الميثيلية BS-seq tRNA (ن = 4 فحوصات تحويل) من أول تكرار تجريبي. S8B: المواقع الميثيلية BS-seq tRNA (ن = 5 فحوصات تحويل) من التكرار التجريبي المستقل الثاني. BS ، bisulfite BS-seq ، BS تسلسل الحمض الريبي النووي النقال (tRNA) ، نقل الحمض النووي الريبي (RNA).

    بيانات S9. بيانات تسلسل RNA BS تحدد المواقع الأخرى التي يحتمل أن لا تكون مستهدفة بواسطة NSUN2.

    S9A: BS-seq لاكتشاف المواقع الأخرى التي يحتمل أن لا تستهدف الحمض الريبي النووي النقال بواسطة NSUN2 من تكرار واحد (ن = 4 فحوصات تحويل). S9B: BS-seq لاكتشاف جميع المواقع الأخرى غير المستهدفة بواسطة NSUN2 من تكرار واحد (ن = 4 فحوصات تحويل). BS ، الحمض الريبي النووي النقال بيسلفيت ، نقل الحمض النووي الريبي.

    بيانات S10. بيانات تسلسل RNA BS للضغط والتوتر NSUN2−/− الخلايا المصابة بعنصر التحكم الفارغ ، أو NSUN2 من النوع البري ، أو البناء الأنزيمي الميت K190M.

    بيانات S11. تسلسل الحمض النووي الريبي الصغير في الخلايا غير المجهدة والمجهدة.

    S11A: شظايا الحمض النووي الريبي الموجودة في مجموعة بيانات RNA-seq الصغيرة. S11B: تسلسل أجزاء الحمض النووي الريبي وتحليلها (ص & لتر 0.01 NSUN2−/ في ساعتين من الإجهاد). S11C: تسلسل أجزاء الحمض النووي الريبي وتحليلها (إزالة العينات ذات القيم المفقودة). S11D: تسلسل أجزاء الحمض النووي الريبي وتحليلها (شظايا أصغر من 40 نيوكليوتيدات). RNA-seq ، تسلسل الحمض النووي الريبي ، الحمض النووي الريبي ، نقل الحمض النووي الريبي.

    بيانات S12. شظايا الحمض النووي الريبي في NSUN2 أو K190M أو الخلايا المصابة بالناقلات الفارغة بعد 0 و 2 و 4 ساعات من العلاج باستخدام زرنيخ الصوديوم.

    بيانات S13. بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي.

    S13A: بيانات RNA-seq المأخوذة من الخلايا الليفية الجلدية البشرية غير المعالجة ("ctr") أو تمت معالجتها باستخدام زرنيخ الصوديوم لمدة 2 أو 4 ساعات. المبينة هي الاختلافات النسخية بين NSUN2−/ و NSUN2 + / + خلايا في عنصر التحكم. S13B: بيانات RNA-seq المأخوذة من الخلايا الليفية الجلدية البشرية غير المعالجة ("ctr") أو تمت معالجتها باستخدام زرنيخ الصوديوم لمدة 2 أو 4 ساعات. المبينة هي الاختلافات النسخية بين NSUN2−/ و NSUN2 + / + الخلايا بعد ساعتين من الإجهاد. S13C: بيانات RNA-seq المأخوذة من الخلايا الليفية الجلدية البشرية غير المعالجة ("ctr") أو تمت معالجتها باستخدام زرنيخ الصوديوم لمدة 2 أو 4 ساعات. تظهر الاختلافات النصية بين NSUN2/ وخلايا NSUN2 + / + بعد 4 ساعات من الإجهاد. تسلسل الحمض النووي الريبي ، تسلسل الحمض النووي الريبي.

    بيانات S14. تحليلات الأنطولوجيا الجينية.

    S14A: تخصيب الجينات (Cellular Operations_Gorilla) للجينات المعبر عنها تفاضليًا في NSUN2+ / + مقابل NSUN2−/ الخلايا بعد ساعتين من التعرض لزرنيخ الصوديوم. S14B: تخصيب الجينات (Cellular Operations_Gorilla) للجينات المعبر عنها تفاضليًا في NSUN2+ / + مقابل NSUN2−/ الخلايا بعد 4 ساعات من التعرض لزرنيخ الصوديوم. S14C: تخصيب الجينات (Cellular Operations_Gorilla) للجينات المعبر عنها تفاضليًا في NSUN2+ / + مقابل NSUN2−/ أظهرت الخلايا في حالة غير معالجة عدم وجود تخصيب كبير.


    ريك ، و. ، دين ، دبليو ، & أمبير والتر ، ج. (2001). إعادة البرمجة الوراثية في تطور الثدييات. علم, 293, 1089–1093.

    صوراني ، م. (2002). مفهوم خاطئ نقي - علم الوراثة. طبيعة سجية, 416, 491–493.

    جودسون ، إتش ، هايوارد ، بي إي ، شيريدان ، إي ، وأمب بونثرون ، دي تي (2002). اضطراب عالمي في البصمة في الخط التناسلي الأنثوي البشري. طبيعة سجية, 416, 539–542.

    هاتا ، ك. ، أوكانو ، إم ، لي ، إتش ، & أمبير لي ، إي (2002). تتعاون Dnmt3L مع عائلة Dnmt3 من من جديد ترانسفيرازات ميثيل الحمض النووي لتأسيس بصمات الأمهات في الفئران. تطوير, 129, 1983–1993.

    Bourc’his، D.، Xu، G. L.، Lin، C. S.، Bollman، B.، & amp Bestor، T.H. (2001). Dnmt3L وإنشاء بصمات الجينوم الأم. علم, 294, 2536–2539.

    McLay ، D.W ، & amp Clarke ، HJ (2003). إعادة تشكيل كروماتين الأب عند الإخصاب في الثدييات. التكاثر, 125, 625–633.

    هاف ، ت. (2006). ديناميات الميثيل في جنين الثدييات المبكر: الآثار المترتبة على عيوب إعادة برمجة الجينوم من أجل التنمية. الموضوعات الحالية في علم الأحياء الدقيقة والمناعة, 310, 13–22.

    هوف ، جي آر ، كوستر ، آر دبليو ، فروهار ، إيه إس ، أسيفيدو بولتون ، جي ، فريزر ، إس إي ، أمبير غريب ، إم (2003). تعتبر قوى السائل داخل القلب عاملاً جينيًا أساسيًا لتكوين القلب الجنيني. طبيعة سجية, 421, 172–177.

    باترا ، س.ك. (2008). سهّل تشريح طوافة الدهون مسارات إشارات الخلايا في السرطان. Biochimica et Biophysica Acta. دوى: 10.1016 / j.bbcan2007.11.002.

    كونر ، م. (2002). التنمية: نسج نمط الحياة. طبيعة سجية, 418, 279.

    وادينجتون ، سي إتش (1957). استراتيجية الجينات: مناقشة بعض جوانب علم الأحياء النظري. نيويورك: ماكميلان.

    هوتشكيس ، ر. د. (1948). الفصل الكمي للبيورينات والبيريميدين والنيوكليوسيدات بواسطة كروماتوغرافيا الورق. مجلة الكيمياء البيولوجية, 175, 315–332.

    سميث ، س. (2000). تخمين جيلبرت: البحث عن DNA (Cytosine-5) demethylase وظهور وظائف جديدة لـ DNA حقيقية النواة (Cytosine-5) methyltransferases. مجلة البيولوجيا الجزيئية, 302, 1–7.

    بيستور ، تي إتش (2000). ميثيل ترانسفيرازات الحمض النووي للثدييات. علم الوراثة الجزيئية البشرية, 9, 2395–2402.

    باترا ، S. K. ، باترا ، A. ، Zhao ، H. ، & amp Dahiya ، R. (2002). DNA methyltransferase و demethylase في سرطان البروستاتا البشري. التسرطن الجزيئي, 33, 163–171.

    باترا ، S. K. ، Patra ، A. ، Zhao ، H. ، Carroll ، P. ، & amp Dahiya ، R. (2003). بروتينات ربط Methyl-CpG-DNA في سرطان البروستاتا البشري: تعبير عن تسلسل CXXC الذي يحتوي على MBD1 وقمع MBD2 و MeCP2. الكيمياء الحيوية والبيوفيزيائية تبحث في الاتصالات, 302, 759–766.

    باترا ، س.ك. ، باترا ، أ. ، وأمبير داهية ، ر. (2001). هيستون ديستيلاز و DNA methyltransferase في سرطان البروستاتا البشري. الكيمياء الحيوية والبيوفيزيائية تبحث في الاتصالات, 287, 705–713.

    Bhattacharya، S. K.، Ramchandani، S.، Cervoni، N.، & amp Szyf، M. (1999). بروتين في الثدييات مع نشاط محدد لنسب ميثيلاز m CpG DNA. طبيعة سجية, 397, 579–783.

    Ramchandani، S.، Bhattacharya، S.K، Cervoni، N.، & amp Szyf، M. (1999). مثيلة الحمض النووي هي إشارة بيولوجية قابلة للعكس. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 96, 6107–6112.

    Goel، A.، Mathupala، S.P، & amp Pedersen، P. L. (2003). استقلاب الجلوكوز في السرطان: دليل على أن أحداث نزع الميثيل تلعب دورًا في تنشيط التعبير الجيني لهكسوكيناز من النوع الثاني. مجلة الكيمياء البيولوجية, 278, 15333–15340.

    Cervoni، N.، & amp Szyf، M. (2001). يتم توجيه نشاط ديميثيلاز عن طريق أستلة هيستون. مجلة الكيمياء البيولوجية, 276, 40778–40787.

    Cervoni، N.، Bhattacharya، S.K، & amp Szyf، M. (1999). دي ميثيلاز الحمض النووي هو إنزيم معالج. مجلة الكيمياء البيولوجية, 274, 8363–8366.

    Guo، Y.، Pakneshan، P.، Gladu، J.، Slak، A.، Szyf، M.، & amp Rabbani، S.A (2002). تنظيم مثيلة الحمض النووي في سرطان الثدي البشري - التأثير على إنتاج الجين المنشط للبلازمينوجين من نوع urokinase وغزو الورم. مجلة الكيمياء البيولوجية, 277, 41571–41579.

    وايد ، ب.أ ، جريجون ، أ ، جونز ، ب. يجمع مجمع Mi-2 بين مثيلة الحمض النووي وإعادة تشكيل الكروماتين وإزالة هيستون. علم الوراثة الطبيعي, 23, 61–66.

    Ng ، H. H. ، Zhang ، Y. ، Hendrich ، B. ، Johnson ، C.A ، Turner ، B. M. ، Erdjument-Bromage ، H. ، Tempst ، P. ، Reinberg ، D. ، & amp Bird ، A. (1999). MBD2 هو مثبط نسخي ينتمي إلى مجمع MeCP1 هيستون ديسيتيلاز. علم الوراثة الطبيعي, 23, 58–61.

    فوجيتا ، إتش ، فوجي ، آر ، أراتاني ، إس ، أمانو ، تي ، فوكاميزو ، إيه ، وأمب ناكاجيما ، ت. (2003). التأثيرات المضادة لـ MBD2a على تنظيم الجينات. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 23, 2645–2657.

    كريس ، سي ، ثوماسين ، إتش ، وأمبير جرانج ، ت. (2006). تشتمل عملية نزع الميثيل النشطة في السيتوزين التي يسببها مستقبل نووي على فواصل شرائط الحمض النووي. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 103, 11112–11117.

    Barreto ، G. ، Schafer ، A. ، Marhold ، J. ، Stach ، D. ، Swaminathan ، S.K ، Handa ، V. ، et al. (2007). يعزز Gadd45a تنشيط الجينات اللاجينية عن طريق إزالة ميثيل الحمض النووي بوساطة الإصلاح. طبيعة سجية, 445, 671–675.

    Thomassin ، H. ، Flavin ، M. ، Espinas ، M.-L. ، & amp Grange ، T. (2001). إزالة ميثيل الحمض النووي الناجم عن الجلوكوكورتيكويد وذاكرة الجينات أثناء التطور. مجلة EMBO, 20, 1974–1983.

    كريس ، سي ، ثوماسين ، إتش ، وأمبير جرانج ، ت. (2001). نزع ميثيل الحمض النووي المحلي في الفقاريات: كيف يمكن إجراؤه واستهدافه؟ رسائل FEBS, 494, 135–140.

    جوست ، ج.ب. ، ثيري ، س ، وأمبير سيغمان ، م. (2002). توجد أنشطة 5-ميثيل ديوكسيتيدين أحادي الفوسفات ديميناز و 5 ميثيل سيتيديل-دنا ديميناز في خلايا الحيوانات المنوية البشرية الناضجة. رسائل FEBS, 519, 128–134.

    صوراني ، م. (2001). إعادة برمجة وظيفة الجينوم من خلال الوراثة اللاجينية. طبيعة سجية, 414, 122–128.

    باترا ، S. K. ، & amp Bettuzzi ، S. (2007). تنظيم مثيلة الحمض النووي اللاجيني في ترميز الجينات للمكونات المرتبطة بطوافة الدهون: دور لبروتينات الطوافة في تحول الخلايا وتطور السرطان (مراجعة). تقارير الأورام, 17, 1279–1290.

    جونز ، ب.أ ، وأم بايلن ، س.ب. (2002). الدور الأساسي للأحداث جينية في السرطان. مراجعات الطبيعة (علم الوراثة), 3, 416–428.

    هندريش ، ب ، وأمبيرد أ. (1998). تحديد وتوصيف عائلة من بروتينات ربط ميثيل سي بي جي في الثدييات. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 18, 6538–6547.

    تان ، سي.ب. ، وأمب ناكيلني ، س. (2006). التحكم في مكون نظام مثيلة الحمض النووي MBD2 بواسطة مثيلة بروتين أرجينين. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 26, 7224–7235.

    واد ، ب.أ. (2001). بروتينات ربط الميثيل CpG والقمع النسخي. مقولات بيولوجية, 23, 1131–1137.

    لي ، J.-H. ، Voo ، K. S. ، & amp Skalnik ، D.G (2001). تحديد وتوصيف مجال ربط الحمض النووي لبروتين ربط CpG. مجلة الكيمياء البيولوجية, 276, 44669–44676.

    Feng، Q.، & amp Zhang، Y. (2001). يقوم مجمع MeCP1 بقمع النسخ من خلال الربط التفضيلي وإعادة التشكيل وإزالة الأسيتيل النيوكليوزومات الميثيلية. الجينات و أمبير التنمية, 15, 827–832.

    Lopez-Serra، L.، Ballestar، E.، Fraga، M.F، Alaminos، M.، Setien، F.، & amp Esteller، M. (2006). ملف تعريف لشغل بروتين مجال ربط Methyl-CpG لجزر CpG المروج مفرط الميثيل من جينات مثبط الورم في سرطان الإنسان. ابحاث السرطان, 66, 8342–8346.

    Lembo ، F. ، Pero ، R. ، Angrisano ، T. ، Vitiello ، C. ، Iuliano ، R. ، Bruni ، C.B ، et al. (2003). يخفف MBDin ، وهو بروتين جديد يتفاعل مع MBD2 ، إمكانات قمع MBD2 ويعيد تنشيط النسخ من المروجين الميثلي. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 23, 1656–1665.

    شي ، واي ، لان ، إف ، ماتسون ، سي ، موليجان ، بي ، ويتستين ، جي آر ، كول ، بي إيه ، وآخرون. (2004). إزالة ميثيل الهيستون بوساطة متماثل أمين أوكسيديز النووي LSD1. زنزانة, 119, 941–953.

    Kubicek، S.، & amp Jenuwein، T. (2004). صدع في مثيلة هيستون ليسين. زنزانة, 119, 903–906.

    إيرليش ، م. (2006). ميثيل الحمض النووي المرتبط بالسرطان وعلاقته بفرط الميثيل. الموضوعات الحالية في علم الأحياء الدقيقة والمناعة, 310, 251–274.

    رودريغيز ، جيه ، فريجولا ، جيه ، فيندريل ، إي ، ريسكيس ، آر إيه ، فراغا ، إم إف ، موراليس ، سي ، إت آل. (2006). يرتبط عدم استقرار الكروموسومات بإزالة ميثيل الحمض النووي على مستوى الجينوم في سرطانات القولون والمستقيم الأولية البشرية. ابحاث السرطان, 66, 8462–9468.

    Bruniquel ، D. ، & amp Schwartz ، R.H (2003). يعزز نزع الميثيل الانتقائي المستقر لجين إنترلوكين -2 النسخ من خلال عملية نشطة. مناعة الطبيعة, 4, 235–240.

    سانتوس ، إف ، هندريش ، بي ، ريك ، دبليو ، & أمبير دين ، دبليو (2002). إعادة البرمجة الديناميكية لمثيلة الحمض النووي في جنين الفأر المبكر. التطورات في علم الأحياء, 241, 172–182.

    لي ، إي ، بيستور ، تي إتش ، وأمبير يانيش ، ر. (1992). تؤدي الطفرة المستهدفة لجين ميثيل ترانسفيراز في الحمض النووي إلى الموت الجنيني. زنزانة, 69, 915–926.

    لوين ، ب. (1995). GENE-V. في B.Lewin (محرر) الأنظمة التي تحمي الحمض النووي (ص 605-629). أكسفورد ، نيويورك: مطبعة جامعة أكسفورد.

    Hoeijmakers، J.HJ (2001). آليات صيانة الجينوم للوقاية من السرطان. طبيعة سجية, 411, 366–374.

    ريتشموند ، تي إتش ، وأمبير ديفي ، سي أ (2003). هيكل الحمض النووي في النواة النووية. طبيعة سجية, 423, 145–150.

    هورن ، بي جيه ، وأمبير بيترسون ، سي إل (2002). طي الكروماتين ذو الترتيب العالي: اختتام النسخ. علم, 297, 1824–1827.

    Quina، A. S.، Buschbeck، M.، & amp Di Croce، L. (2006). بنية الكروماتين وعلم التخلق. علم الأدوية البيوكيميائية, 72, 1563–1569.

    Vargason ، J.M ، Eichman ، B.F ، & amp Ho ، P. S. (2000). هيكل E-DNA الممتد وغريب الأطوار الناجم عن مثيلة السيتوزين أو المعالجة بالبروم. علم الأحياء الهيكلية الطبيعة, 7, 758–761.

    Mayer-Jung، C.، Moras، D.، & amp Timsit، Y. (1998). الترطيب والتعرف على خطوات CpG الميثيلية في الحمض النووي. مجلة EMBO, 17, 2709–2718.

    Schübeler، D.، Lorincz، M.C، Cimbora، D.M، Telling، A.، Feng، Y.-Q.، Bouhassira، E.E، et al. (2000). الاستهداف الجينومي للحمض النووي الميثلي: تأثير الميثيل على النسخ ، النسخ المتماثل ، بنية الكروماتين ، واستلة هيستون. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 20, 9103–9112.

    هاشمشوني ، T. ، تشانغ ، J. ، كيشيت ، آي ، بوستين ، إم ، & أمبير سيدر ، إتش (2003). دور مثيلة الحمض النووي في تكوين بنية الكروماتين أثناء التطور. علم الوراثة الطبيعي, 34, 187–192.

    Okitsu، C. Y.، & amp Hsieh، C.L (2007). تملي مثيلة الحمض النووي مثيلة هيستون H3K4. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 27, 2746–2757.

    ايرفين ، R. A. ، Lin ، I.G ، & amp Hsieh ، C.-L. (2002). مثيلة الحمض النووي لها تأثير محلي على النسخ وأسيتيل هيستون. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 22, 6689–6696.

    برنشتاين ، ب.إ. ، ميسنر ، أ ، وأمبير لاندر ، إ.س. (2007). إبيجينوم الثدييات. زنزانة, 128, 669–681.

    بيرنشتاين ، ب.إي ، كمال ، إم ، ليندبلاد توه ، ك ، بكيرانوف ، إس ، بيلي ، دي ك ، هوبرت ، دي جيه ، وآخرون. (2005). الخرائط الجينومية والتحليل المقارن لتعديلات الهيستون في الإنسان والفأر. زنزانة, 120, 169–181.

    Liang ، G. ، Lin ، J. C. ، Wei ، V. ، Yoo ، C. ، Cheng ، J.C ، Nguyen ، C. T. ، et al. (2004). توطين متميز لأسيتيل هيستون H3 وميثلة H3-K4 إلى مواقع بدء النسخ في الجينوم البشري. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 101, 7357–7362.

    سانتوس روزا ، إتش ، شنايدر ، آر ، بانيستر ، إيه جيه ، شريف ، جيه ، بيرنشتاين ، بي إي ، إمري ، إن سي ، وآخرون. (2002). يتم ميثلة الجينات النشطة ثلاثي الميثيل عند K4 من هيستون H3. طبيعة سجية, 419, 407–411.

    شنايدر ، آر أ ، بانيستر ، جيه ، مايرز ، إف إيه ، ثورن ، إيه دبليو ، كرين روبنسون ، سي ، إت آل. (2004). أنماط مثيلة هيستون H3 ليسين 4 في جينات حقيقية النواة الأعلى. بيولوجيا خلية الطبيعة, 6, 73–77.

    كريستنسن ، جيه ، آجر ، ك ، كلوس ، بي إيه ، باسيني ، دي ، روز ، إس ، سينلس ، إل ، وآخرون. (2007). ينتمي RBP2 إلى عائلة من demethylases ، خاصة بثلاثي وثنائي ميثيل ليسين 4 في هيستون 3. زنزانة, 128, 1063–1076.

    لورينز ، إم سي ، ديكرسون ، دي آر ، شميت ، إم ، وأمب جرودين ، إم (2004). مثيلة الحمض النووي داخل الجين يغير بنية الكروماتين وكفاءة الاستطالة في خلايا الثدييات. علم الأحياء الجزيئية الهيكلية الطبيعة, 11, 1068–1075.

    Schübeler ، D. ، MacAlpine ، D.M ، Scalzo ، D. ، Wirbelauer ، C. ، Kooperberg ، C. ، van Leeuwen ، F. ، et al. (2004). تم الكشف عن نمط تعديل هيستون للجينات النشطة من خلال تحليل الكروماتين على مستوى الجينوم لحقيقيات النوى الأعلى. تنمية الجينات, 18, 1263–1271.

    بارنيل ، تي جيه ، وأمبير جيير ، بي ك. (2000). تم الكشف عن الاختلافات في خصائص العازل من خلال اختبارات منع المحسن على الحلقات. مجلة EMBO, 19, 5864–5874.

    كوك ، بي آر (2003). النسخ غير الجيني وتنظيم الجينات والعمل عن بعد. علوم الخلية, 116, 4483–4491.

    بلانتون ، ج. ، جاسزنر ، إم ، وأمب شيدل ، بي (2003). تفاعلات البروتين والبروتين وإقران العناصر الحدودية في الجسم الحي. الجينات والتنمية, 17, 664–675.

    تشاو ، ك. ، هارت ، سي م ، & أمبير ليملي ، يو كي (1995). تصور المجالات الكروموسومية مع عامل الحدود المرتبط بالعنصر BEAF-32. زنزانة, 81, 879–889.

    كاي ، هـ. ، وأمبير ليفين ، إم (1995). تعديل تفاعلات المحسن - المروج بواسطة العوازل في ذبابة الفاكهة الجنين. طبيعة سجية, 376, 533–536.

    Ghosh ، D. ، Gerasimova ، T. I. ، & amp Corces ، V.G. (2001). التفاعلات بين البروتينات Su (Hw) و mod (mdg4) المطلوبة لوظيفة عازل الغجر. مجلة EMBO, 20, 2518–2527.

    Kellum، R.، & amp Schedl، P. (1991). مقايسة تأثير الموضع لحدود المجالات الكروموسومية ذات الرتبة الأعلى. زنزانة, 64, 941–950.

    Reither، S.، Li، F.، Gowher، H.، & amp Jeltsch، A. (2003). تمت إعادة النظر في الآلية التحفيزية للـ DNA- (السيتوزين- C5) - ميثيل ترانسفيرازات: التكوين الوسيط التساهمي ليس ضروريًا لنقل مجموعة الميثيل بواسطة إنزيم Dnmt3a الفئران. مجلة البيولوجيا الجزيئية, 329, 675–684.

    كريستمان ، جى ك. (2002). 5-أزاسيتيدين و 5-آزا -2′-ديوكسيتيدين كمثبطات لمثيل الحمض النووي: دراسات ميكانيكية وآثارها على علاج السرطان. الأورام, 21, 5483–5491.

    سيدار ، إتش ، وأمبير فيردين ، جي إل (1999). التعبير الجيني: إنزيم ديميثيلاز المذهل. طبيعة سجية, 397, 568–569.

    Cervoni، N.، Detich، N.، Seo، S.B، Chakravarti، D.، & amp Szyf، M. (2002). مجموعة البروتين الورمي / TAF-1beta ، مثبط للهيستون أسيتيل ترانسفيراز ، يمنع إزالة الميثيل النشط من الحمض النووي ، ودمج مثيلة الحمض النووي وإسكات النسخ. مجلة الكيمياء البيولوجية, 277, 25026–25031.

    Weiss، A.، & amp Cedar، H. (1997). دور نزع ميثيل الحمض النووي أثناء التطوير. خلايا الجينات, 2, 481–486.

    روبرتس ، آر جيه ، وأمبير تشينج ، إكس (1998). التقليب الأساسي. المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية, 67, 181–198.

    كابور ، أ. ، أجيوس ، إف ، & أمبير تشو ، J.-K. (2005). منع إسكات الجينات النسخ عن طريق نزع ميثيل الحمض النووي النشط. رسائل FEBS, 579, 5889–5898.

    جوست ، ج.ب ، وأمبير بروهات ، أ. (1997). تشكيل أنماط مثيلة الحمض النووي وإسكات الجينات. التقدم في أبحاث الأحماض النووية والبيولوجيا الجزيئية, 57, 217–248.

    Jost، J. P.، Siegmann، M.، Sun، L.J، & amp Leung، R. (1995). آليات إزالة ميثيل الحمض النووي في أجنة الدجاج: تنقية وخصائص 5-methylcytosine-DNA glycosylase. مجلة الكيمياء البيولوجية, 270, 9734–9739.

    Weiss، A.، Keshet، I.، Razin، A.، & amp Cedar، H. (1996). نزع ميثيل الحمض النووي في المختبر: تورط الحمض النووي الريبي. زنزانة, 86, 709–718.

    سويشر ، ج.ف.أ. ، راند ، إ. ، سيدار ، إتش ، & أمبير بايل ، إيه إم (1998). تحليل حساسية RNase المفترضة وحساسية البروتياز لنشاط إزالة الميثيل في مقتطفات من الخلايا العضلية للفئران. بحوث الأحماض النووية, 26, 5573–5580.

    Zhu ، B. ، Zheng ، Y. ، Angliker ، H. ، Schwarz ، S. ، Siegmann ، M. ، Thiry ، S. ، et al. (2000). 5-ميثيل سيتوزين DNA glycosylase موجود أيضًا في MBD4 البشري (G / T غير متطابق glycosylase) وفي تسلسل الطيور ذي الصلة. بحوث الأحماض النووية, 28, 4157–4165.

    Zhu ، B. ، Zheng ، Y. ، Hess ، D. ، Angliker ، H. ، Schwarz ، S. ، Siegmann ، M. ، et al. (2000). يوجد نشاط 5-methylcytosine-DNA glycosylase في G / T المستنسخ غير المتطابق DNA glycosylase المرتبط بمركب إزالة الميثيل DNA لجنين الدجاج. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 97, 5135–5139.

    Zhu ، B. ، Benjamin ، D. ، Zheng ، Y. ، Angliker ، H. ، Thiry ، S. ، Siegmann ، M. ، et al. (2001). الإفراط في التعبير عن الجليكوزيلاز DNA 5-methylcytosine في خلايا الكلى الجنينية البشرية. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 98, 5031–5036.

    جوست ، جي بي (1993). تعمل المقتطفات النووية لأجنة الدجاج على تعزيز نزع الميثيل النشط للحمض النووي عن طريق استئصال 5-ميثيل ديوكسيتيدين. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 90, 4684–4688.

    جوست ، جي بي ، شوارتز ، إس ، هيس ، دي ، أنجليكر ، إتش ، فولر بيس ، إف في ، ستال ، إتش إس ، وآخرون. (1999). يرتبط بروتين جنين الدجاج المرتبط ببروتين صندوق DEAD للثدييات ارتباطًا وثيقًا بمركب البروتين- RNA عالي النقاوة من 5-MeC-DNA glycosylase. بحوث الأحماض النووية, 27, 3245–3252.

    Vairapandi، M.، & amp Duker، N.J. (1993). الإزالة الإنزيمية لـ 5-ميثيل سيتوزين من الحمض النووي بواسطة جليكوزيلاز الحمض النووي البشري. بحوث الأحماض النووية, 21, 5323–5327.

    Vairapandi، M.، Liebermann، D.A، Hoffman، B.، & amp Duker، N.J. (2000). نشاط إزالة ميثيل الحمض النووي البشري: جليكوزيلاز مرتبط بـ RNA و PCNA. مجلة الكيمياء الحيوية الخلوية, 79, 249–260.

    Maga، G.، & amp Hubscher، U. (2003). مستضد الخلايا النووية المتكاثرة (PCNA): راقصة مع العديد من الشركاء. مجلة علوم الخلية, 116, 3051–3060.

    هسيه ، سي إل (1999). الدليل على أن ارتباط البروتين يحدد مواقع نزع ميثيل الحمض النووي. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 19, 46–56.

    Goelz، S. E.، Vogelstein، B.، Hamilton، S.R، & amp Feinberg، A.P (1985). Hypomethylation من الحمض النووي من أورام القولون البشرية الحميدة والخبيثة. علم, 228, 187–190.

    Gaudet ، F. ، Hodgson ، J.G ، Eden ، A. ، Jakson-Grusby ، L. ، Dausman ، J. ، Gray ، J.W ، et al. (2003). تحريض الأورام في الفئران عن طريق الميثيل الجيني. علم, 300, 489–492.

    جيرست ، آر إيه ، وأمبير مارتن جونيور ، دي دبليو (1982). وجود نشاط إزالة ميثيل الحمض النووي في نواة خلايا كرات الدم الحمراء في الفئران. مجلة الكيمياء البيولوجية, 257, 8581–8583.

    غوشال ، ك ، ماجومدر ، س ، داتا ، ج. ، موتيوالا ، ت. ، باي ، س ، شارما ، س.م ، وآخرون. (2004). دور مثيلة محفز الحمض النووي الريبي البشري (rRNA) والبروتين MBD2 المرتبط بالميثيل- CpG في قمع التعبير الجيني للـ rRNA. مجلة الكيمياء البيولوجية, 279, 6783–6793.

    تشو ، واي. ، براون ، إتش إن ، زانج ، واي ، هولفورد ، تي آر ، & أمبير تشينج ، تي (2005). تعدل الأنماط الجينية والأنماط الفردانية لمجال ربط الميثيل- CpG 2 من خطر الإصابة بسرطان الثدي اعتمادًا على حالة انقطاع الطمث. أبحاث سرطان الثدي, 7، R745 – R752.

    ، تشنغ ، زد إتش ، تشين ، واي إكس ، لو ، آر ، يانغ ، إل ، تشو ، إتش واي ، وآخرون. (2004). التعبير عن Dnmt1 و demethylase و MeCP2 و methylation للجينات المرتبطة بالورم في سرطان المعدة البشري. المجلة العالمية لأمراض الجهاز الهضمي, 10, 3394–3398.

    Sansom، O. J.، Berger، J.، Bishop، S.M، Hendrich، B.، Bird، A.، & amp Clarke، A.R (2003). نقص Mbd2 يثبط تكوين الأورام المعوية. علم الوراثة الطبيعي, 34، 145–147 (انظر أيضًا البيانات التكميلية).

    Berger، J.، Sansom، O.، Clarke، A.، & amp Bird، A. (2007). مطلوب MBD2 للتعبير الجيني المكاني الصحيح في القناة الهضمية. البيولوجيا الجزيئية والخلوية, 27, 4049–4057.

    Galetzka، D.، Weis، E.، Tralau، T.، Seidmann، L.، & amp Haaf، T. (2007). نوافذ خاصة بالجنس لتعبير mRNA العالي عن DNA methyltransferases 1 و 3A وبروتينات مجال ربط الميثيل CpG 2 و 4 في الغدد التناسلية الجنينية البشرية. التكاثر الجزيئي والتنمية, 74, 233–241.

    ماير ، دبليو ، نيفيلو ، أ ، والتر ، ج. ، فونديل ، آر ، & أمبير هاف ، ت. (2000). إزالة الميثيل من الجينوم البقعي الأبوي. طبيعة سجية, 403, 501–502.

    دين ، دبليو ، سانتوس ، إف ، ستويكوفيتش ، إم ، زاخارتشينكو ، ف ، والتر ، جيه ، وولف ، إي ، وآخرون. (2001). الحفاظ على برمجة الميثلة في نمو الثدييات: إعادة البرمجة الشاذة في الأجنة المستنسخة. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 98, 13734–13738.

    بوجين ، إن ، تايلور ، جي إي ، ماكغاري ، إم ، غاردنر ، جيه أوه ، ويلموت ، آي ، لوي ، بي ، وآخرون. (2004). تأثير البويضات متعددة النوعية على نزع ميثيل الحمض النووي للحيوانات المنوية. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 101, 7636–7640.

    Kang، Y.K، Koo، D.، Park، J. S.، Choi، Y.، Lee، K.، & amp Han، Y. (2001). تأثير نوى البويضات على نزع ميثيل جينوم المتبرع في أجنة الأبقار المستنسخة. رسائل FEBS, 499, 55–58.

    Wischnewski ، F. ، Friese ، O. ، Pantel ، K. ، & amp Schwarzenbach ، H. (2007). بروتينات مجال ربط Methyl-CpG ومشاركتها في تنظيم محفزات الجينات MAGE-A1 و MAGE-A2 و MAGE-A3 و MAGE-A12. أبحاث السرطان الجزيئي, 5, 749–759.

    بيرد ، أ. (2003). تم إطلاق العنان لنسخ IL2 عن طريق نزع ميثيل الحمض النووي النشط. مناعة الطبيعة, 4, 208–209.

    Erlanson ، D. ، Dhen ، L. ، & amp Verdin ، G. L. (1993). مثيلة الحمض النووي الإنزيمي من خلال وسيط غير متزاوج محليًا. مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية, 115, 12583–12584.

    Chen، L.، MacMillan، A. M.، Cheng، W.، Ezaz-Nikpay، K.، Lane، W. S.، & amp Verdin، G. L. (1991). التحديد المباشر للنيوكليوفيل الموقع النشط في الحمض النووي (السيتوزين-5-ميثيل ترانسفيراز). الكيمياء الحيوية, 30, 11018–11025.

    سانتي ، دي في ، غاريت ، سي إي ، وأمبير بار ، بي جيه (1983). حول آلية تثبيط ميثيل ترانسفيراز الحمض النووي السيتوزين بواسطة نظائر السيتوزين. زنزانة, 33, 9–10.

    ويلسون ، ف.إل. ، وأمبير جونز ، ب.أ. (1983). تثبيط مثيلة الحمض النووي بواسطة المواد الكيميائية المسرطنة في المختبر. زنزانة, 32, 239–246.

    Klimasauskas، S.، Kumar، S.، Robert، R.J، & amp Cheng، X. (1994). يقوم HhaI methyltransferase بقلب قاعدته المستهدفة خارج حلزون الحمض النووي. زنزانة, 76, 357–369.

    Wu، P.، Qiu، C.، Sohail، A.، Zhang، X.، Bhagwat، A. S.، & amp Cheng، X. (2003). إصلاح عدم التطابق في الحمض النووي الميثلي: هيكل ونشاط مجال ثايمين جليكوزيلاز المحدد لعدم التطابق لبروتين ربط الميثيل- CpG MBD4. مجلة الكيمياء البيولوجية, 278, 5285–5291.

    ميلر ، سي إيه ، وأمبير سويت ، جي دي (2007). ينظم التعديل التساهمي للحمض النووي تكوين الذاكرة. عصبون, 53, 857–869.

    Claus، R.، Almstedt، M.، & amp Lubbert، M. (2005). العلاج اللاجيني للأورام الخبيثة المكونة للدم: في الجسم الحي أهداف عوامل إزالة الميثيل. ندوات في علم الأورام, 32, 511–520.

    Wijermans ، P. ، Lubbert ، M. ، Verhoef ، G. ، Bosly ، A. ، Ravoet ، C. ، Andre ، M. ، et al. (2000). جرعة منخفضة 5-Aza-2′-deoxycytidine ، عامل نقص ميثيل الحمض النووي ، لعلاج متلازمة خلل التنسج النقوي عالية الخطورة: دراسة متعددة المراكز من المرحلة الثانية في المرضى المسنين. مجلة علم الأورام السريري, 18, 956–965.

    يو ، سي بي ، وأمبير جونز ، بي إيه (2006). العلاج فوق الجيني للسرطان: الماضي والحاضر والمستقبل. مراجعات الطبيعة اكتشاف الأدوية, 5, 37–50.

    Mihich، E.، & amp Jaenisch، R. (2004). الندوة السنوية السادسة عشرة لمصادر البيزكولر: الخلايا الجذعية والتخلق في السرطان. ابحاث السرطان, 64, 8474–8477.

    ساتو ، إن ، مايهارا ، إن ، سو ، جي إتش ، وأمبير جوجينز ، إم (2003). آثار 5-aza-2′-deoxycytidine على تعبير المصفوفة metalloproteinase وغزو خلايا سرطان البنكرياس. مجلة المعهد الوطني للسرطان, 95, 327–330.

    Pulukuri ، S.M ، Estes ، N. ، Patel ، J. ، & amp Rao ، J. S. (2007). يشارك التنشيط المرتبط بإزالة الميثيل لمنشط البلازمينوجين urokinase في تطور سرطان البروستاتا. ابحاث السرطان, 67, 930–939.

    Lucarelli، M.، Fuso، A.، Strom، R.، & amp Scarpa، S. (2001). ترتبط ديناميكيات إزالة الميثيل الخاصة بموقع الميوجينين ارتباطًا وثيقًا بتعبيرها وتمايز العضلات. مجلة الكيمياء البيولوجية, 276, 7500–7506.

    الخروبي ، أ. ، بيراس ، ج. ، وأمب ستيوارت ، سي إل (2001). تعمل إزالة الميثيل من الحمض النووي على إعادة تنشيط مجموعة فرعية من الجينات المطبوعة في الأرومات الليفية الجنينية للفأر وحيد الوالدين. مجلة الكيمياء البيولوجية, 276, 8674–8680.

    سانتوسو ، بي ، أورتيز ، بي دي ، وأمب وينوتو ، أ. (2000). التحكم في نزع الميثيل الخاص بالأعضاء عن طريق عنصر منطقة التحكم في موضع مستقبلات الخلايا التائية ألفا. مجلة الكيمياء البيولوجية, 275, 1952–1858.

    فيرغسون ، إيه تي ، فيرتينو ، بي إم ، سبيتزنر ، جي آر ، بايلن ، إس بي ، مولر ، إم تي ، أمبير ديفيدسون ، إن إي (1997). دور إزالة الميثيل الجيني لمستقبلات هرمون الاستروجين وتشكيل مقرب ميثيل ترانسفيراز الحمض النووي DNA في 5-aza-2′-deoxycytidine المستحث بالسمية الخلوية في خلايا سرطان الثدي البشرية. مجلة الكيمياء البيولوجية, 272, 32260–32266.

    فوكس ، إف ، برجر ، دبليو إيه ، بريهم ، إيه ، هيوز ديفيز ، إل ، & أمبير كوزاريدس ، ت. (2000). يرتبط DNA methyltransferase DNMT1 بنشاط هيستون ديسيتيلاز. علم الوراثة الطبيعي, 24, 88–91.

    Wittschieben، B. O.، Otero، G.، de Bizemont، T.، Fellows، J.، Erdjument-Bromage، H.، Ohba، R.، et al. (1999). إن هيستون أسيتيل ترانسفيراز الرواية هي وحدة فرعية متكاملة لإطالة إنزيم بوليميريز 2 للحمض النووي الريبي. الخلية الجزيئية, 4, 123–128.

    Scaltriti ، M. ، Belloni ، L. ، Caporali ، A. ، Davalli ، P. ، Remondini ، D. ، Rizzi ، F. ، et al. (2006). التصنيف الجزيئي لسرطان البروستاتا الحساسة لمضادات الاكسدة في الشاي الأخضر والشاي الأخضر المقاوم لمضادات الاكسدة في نموذج الفئران TRAMP عن طريق التنميط الكمي للجين PCR في الوقت الحقيقي. التسرطن, 27, 1047–1053.

    Lund ، P. ، Weisshaupt ، K. ، Mikeska ، T. ، Jammas ، D. ، Chen ، X. ، Kuban ، R.J ، et al. (2006). يقوم HRAS الورمي بقمع التعبير العنقودي من خلال فرط الميثيل المحفز. الأورام, 25, 4890–4903.

    Kundu، T.K، & amp Rao، M.R.S (1999). جزر CpG في تنظيم الكروماتين والتعبير الجيني. مجلة الكيمياء الحيوية, 125, 217–222.

    Bock، C.، Paulsen، M.، Tierling، S.، Mikeska، T.، Lengauer، T.، & amp Walter، J. (2006). ترتبط مثيلة جزيرة CpG في الخلايا الليمفاوية البشرية ارتباطًا وثيقًا بتسلسل الحمض النووي ، وتكرارها ، وبنية الحمض النووي المتوقعة. علم الوراثة PLoS, 2، هـ 26. دوى: 10.1371 / journal.pgen.0020026.

    Das، R.، Dimitrova، N.، Xuan، Z.، Rollins، R.A، Haghighi، F.، Edwards، J.R، et al. (2006). التنبؤ الحسابي لحالة المثيلة في التسلسل الجينومي البشري. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 103, 10713–10716.

    رولينز ، آر أ ، هاغيغي ، إف ، إدواردز ، جي آر ، داس ، آر ، زانغ ، إم كيو ، جو ، جي ، وآخرون. (2006). هيكل واسع النطاق لأنماط مثيلة الجينوم. أبحاث الجينوم, 16, 157–163.

    سالزبوري ، سي إم ، وأمبير كرافات ، بي إي (2007). تحقيقات قائمة على النشاط لتحديد سمات معقدات هيستون ديسيتيلاز. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 104, 1171–1176.

    Delaval، K.، Govin، J.، Cerqueira، F.، Rousseaux، S.، Khochbin، S.، & amp Feil، R. (2007). تحدد تعديلات هيستون التفاضلية مناطق التحكم في طباعة الماوس أثناء تكوين الحيوانات المنوية. مجلة EMBO, 26, 720–729.

    فرانك ، د. ، كيشيت ، إ. ، شاني ، م ، ليفين ، أ ، رازين ، أ ، & أمبير سيدر ، هـ. (1991). نزع الميثيل من جزر CpG في الخلايا الجنينية. طبيعة سجية, 351, 239–241.

    Paroush، Z.، Keshet، I.، Yisraeli، J.، & amp Ceder، H. (1990). ديناميات إزالة الميثيل وتفعيل جين ألفا أكتين في الخلايا العضلية. زنزانة, 63, 1229–1237.

    Wiechen ، K. ، Diatchenko ، L. ، Agoulink ، A. ، Scharff ، K.M ، Schober ، H. ، Arlt ، K. ، et al. (2001). يتم تنظيم Caveolin-1 في سرطان المبيض البشري ويعمل كجين مرشح لقمع الورم. المجلة الأمريكية لعلم الأمراض, 159, 1635–1643.

    Cui ، J. ، Rohr ، L.R ، Swanson ، G. ، Speights ، V. O. ، Maxwell ، T. ، & amp Brothman ، A.R (2001). Hypermethylation لمحفز الجين caveolin-1 في سرطان البروستاتا. البروستات, 46, 249–256.

    Liu، J.، Ikeguchi، M.، Nakamura، S.، & amp Kaibara، N. (2002). إعادة التعبير عن مركب كاديرين-كاتينين في الغدد الليمفاوية المصابة بنقائل في سرطان المعدة المتقدم: العلاقة مع بقاء المريض. مجلة أبحاث السرطان التجريبية والسريرية, 21, 65–71.

    فوجر ، ن. ، مرحبا ، ر. ، وأمب زولر ، إم. (2000). مشاركة CD44 في إعادة ترتيب الهيكل الخلوي وإعادة تنظيم الطوافة في الخلايا التائية. مجلة علوم الخلية, 114, 1169–1178.

    كيتو ، هـ ، سوزوكي ، إتش ، إيتشيكاوا ، تي ، سيكيتا ، إن ، كاميا ، إن ، أكاكورا ، ك ، وآخرون. (2001). يرتبط Hypermethylation لجين CD44 بتطور ورم خبيث لسرطان البروستاتا البشري. البروستات, 49, 110–115.

    Lou، W.، Krill، D.، Dhir، R.، Becich، M.J، Dong، J.-T.، Frierson Jr.، H. F.، et al. (1999). مثيلة الجين المثبط للورم الخبيث CD44 في سرطان البروستاتا البشري. ابحاث السرطان, 59, 2329–2331.

    Hasegawa، M.، Nelson، H. H.، Peters، E.، Ringstrom، E.، Posner، M.، & amp Kelsey، K. T. (2002). أنماط مثيلة المروج الجيني في سرطان الخلايا الحرشفية في الرأس والرقبة. الأورام, 21, 4231–4236.

    هيمان ، ر. (2002). عدم وجود علاقة متسقة بين إزالة الميثيل لمروج CD44 وتعبير CD44. علم الوراثة المناعية, 53, 914–924.

    شيراس ، أ ، بوسال ، أ ، باتكار ، أ ، شيبال ، ف ، وأمب شاستري ، ب. (2002). التعبير التفاضلي لـ CD44 (s) والأشكال الإسوية المتغيرة v3 ، v10 في الثقافات ثلاثية الأبعاد لخطوط خلايا الورم الميلانيني في الماوس. النقائل السريرية والتجريبية, 19, 445–455.

    Bankfalvi، A.، KraBort، M.، Buchwalow، I.B، Vegh، A.، Felszeghy، E.، & amp Piffko، J. (2002). مكاسب وخسارة جزيئات الالتصاق (CD44 و E-Cadherin و b-Catenin) أثناء تسرطن الفم وتطور الورم. مجلة علم الأمراض, 198, 343–351.

    ويبر ، جي إف ، برونسون ، آر تي ، إيلاجان ، جي ، كانتور ، إتش ، شميتس ، آر ، & أمبير ماك ، تي دبليو (2002). يمنع غياب جين CD44 ورم خبيث في الساركوما. ابحاث السرطان, 62, 2281–2286.

    Verkaik، N. S.، Trapman، J.، Romijn، J.C، Van Der Kwast، T.H، & amp Van Steenbrugge، G.J. (1999). يرتبط التنظيم السفلي لتعبير CD44 في خطوط خلايا سرطان البروستاتا البشرية بفرط ميثيل الحمض النووي. المجلة الدولية للسرطان, 80, 439–443.

    Kogerman ، P. ، Sy ، M.-S. ، & amp Culp ، L.A (1997). الاختيار العكسي للورم الأساسي CD44s البشري المعبر عنه مقابل النقائل الرئوية في نموذج الساركوما الليفية الفأرية. الأورام, 15, 1407–1416.

    شيراتوري ، هـ. ، كوشينو ، ت. ، أوسوجي ، إم ، نيتو ، إتش ، وأمب سايتو ، ت. (2001). تسريع ورم خبيث في الرئة عن طريق التنظيم الأعلى لتعبير CD44 في الفئران المزروعة بالخلايا المشتقة من الساركوما العظمية. رسائل السرطان, 170, 177–182.

    Ribeiro-Filho، L.A، Franks، J.، Sasaki، M.، Shiina، H.، Li، L.-C، Nojima، D.، et al. (2002). CpG hypermethylation لمنطقة المروج وتعطيل جين E-cadherin في سرطان المثانة البشري. التسرطن الجزيئي, 34, 187–198.

    Karube، H.، Masuda، H.، Ishii، Y.، & amp Takayama، T. (2002). يتناسب تعبير E-Cadherin عكسياً مع حجم الورم في ورم خبيث في الكبد التجريبي. مجلة البحوث الجراحية, 106, 173–178.

    Alpaugh ، M.L ، Tomlinson ، J. S. ، Kasraeian ، S. ، & amp Barsky ، S.H (2002). الدور التعاوني لـ E-Cadherin sialyl-Lewis X / A-deficiency MUC1 في الانتشار السلبي للصمات الورمية في سرطان الثدي الالتهابي. الأورام, 21, 3631–3643.

    إيكيجوتشي ، إم ، ماكينو ، إم ، & أمبير كايبارا ، إن. (2001). الأهمية السريرية لتعبير مركب E-Cadherin-Cateninn في البؤر النقيلية لسرطان القولون والمستقيم. مجلة البحوث الجراحية, 77, 201–207.

    Kase، S.، Sugio، K.، Yamazaki، K.، Okamoto، T.، Yano، T.، & amp Sugimachi، K. (2000). التعبير عن E-Cadherin و b-Catenin في سرطان الرئة ذو الخلايا غير الصغيرة البشرية والأهمية السريرية. أبحاث السرطان السريرية, 6, 4784–4796.

    كلير ، سي جي ، فان جولن ، كيه إل ، براون ، تي ، وأمبير مراجفر ، إس دي (2001). تعبير E-Cadherin المستمر في سرطان الثدي الالتهابي. علم الأمراض الحديث, 14, 458–464.

    جيانغ ، دبليو جي ، وأمب مانسيل ، آر إي (2000). مجمع E-cadherin وتشوهاته في سرطان الثدي البشري. جراحة الأورام, 9, 151–171.

    كافالي ، إل آر ، أوربان ، سي أ ، داي ، دي ، دي أسيس ، إس ، تافاريس ، دي سي ، رون ، جي دي ، وآخرون. (2003). التغيرات الجينية والتخلقية في آفات العقد الليمفاوية الحارسة مقارنة بأورام الثدي الأولية المقابلة لها. علم الوراثة السرطانية وعلم الوراثة الخلوية, 146, 33–40.

    كوسينز ، إل إم ، وأمبير ويرب ، زد (2002). التهاب وسرطان. طبيعة سجية, 420, 860–867.

    Dong، E.، Guidotti، A.، Grayson، D.R، & amp Costa، ​​E. (2007). يحث فرط الأسيتيل الهيستون على إزالة ميثيل الريلين ومحفزات نزع الكربوكسيلاز حمض الغلوتاميك 67 كيلو دالتون. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 104, 4676–4681.

    وونغ ، آي إتش (2001). التنميط الميثيل لسرطانات الإنسان في الدم: المراقبة الجزيئية والتنبؤ (مراجعة). المجلة الدولية لعلم الأورام, 19, 1319–1324.

    Baylin، S.B، & amp Ohm، J.E (2006).إسكات الجينات اللاجينية في السرطان - آلية لإدمان المسار الورمي المبكر. مراجعات الطبيعة ، السرطان, 6, 107–116.

    جونز ، ب.أ ، وأم بايلن ، س.ب. (2007). الوراثة اللاجينومية للسرطان. زنزانة, 128, 683–692.

    Zhu و X. و Leav و I. و Leung و Y.K و Wu و M. و Liu و Q. و Gao و Y. وآخرون. (2004). التنظيم الديناميكي لتعبير مستقبلات هرمون الاستروجين بيتا عن طريق مثيلة الحمض النووي أثناء تطور سرطان البروستاتا والورم الخبيث. المجلة الأمريكية لعلم الأمراض, 164, 2003–2012.

    Zhu، J.، & amp Yao، X. (2007). استخدام مثيلة الحمض النووي للكشف عن السرطان والتصنيف الجزيئي. مجلة الكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية, 40, 135–141.

    لي ، إل سي ، أوكينو ، إس تي ، وأمبير داهية ، ر. (2004). مثيلة الحمض النووي في سرطان البروستاتا (مراجعة). Biochimica et Biophysica Acta, 1704, 87–102.

    فانغ ، إم زد ، وانغ ، واي ، آي ، إن ، هو ، زد ، صن ، واي ، لو ، إتش ، وآخرون. (2003). يثبط بوليفينول الشاي Epigallocatechin-3-gallate DNA methyltransferase ويعيد تنشيط الجينات الميثلة الصامتة في خطوط الخلايا السرطانية. ابحاث السرطان, 63, 7563–7570.

    باكنشان ، ب. ، سزيف ، إم ، فارياس-إيسنر ، آر ، آند رباني ، إس إيه (2004). إن عكس حالة hypomethylation لمحفز urokinase (uPA) يمنع نمو سرطان الثدي والورم الخبيث. مجلة الكيمياء البيولوجية, 279, 31735–31744.

    بيترسون ، سي إل ، وأمبير لوجي ، سي (2000). توظيف آلات إعادة تشكيل الكروماتين. مجلة الكيمياء الحيوية الخلوية, 78, 179–185.

    ري ، آي ، جاير ، K.-W. ، ين ، R.-W. C. ، Lengauer ، C. ، Herman ، J.G ، Kinzler ، K.W ، et al. (2000). يتم الحفاظ على مثيلة CpG في الخلايا السرطانية البشرية التي تفتقر إلى DNMT1. طبيعة سجية, 404, 1003–1007.

    رازين ، أ ، سيدار ، إتش ، وأمب ريجز ، إيه دي (1984). مثيلة الحمض النووي والكيمياء الحيوية والأهمية البيولوجية. نيويورك: سبرينغر.

    آدامز ، آر إل بي ، وأمبير بوردون ، آر إتش (1985). البيولوجيا الجزيئية لميثلة الحمض النووي. نيويورك: سبرينغر.

    Jost، J.-P.، & amp Saluz، H. P. (1993). مثيلة الحمض النووي: البيولوجيا الجزيئية والأهمية البيولوجية. برلين: Birkhäuser.

    شل ، إس ، بارك ، إس إم ، رجبابي ، إيه آر ، شيكل ، آر ، كيستنر ، إي أوه ، جيويل ، دي إيه ، وآخرون. (2007). يحدد تعبير Let-7 مرحلتين من تمايز السرطان. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية, 104, 11400–11405.


    توقعات - وجهات نظر

    منذ اكتشافهم ، تم الإبلاغ عن العديد من التطورات المهمة في فهمنا الأساسي والآلي لأنزيمات TET. تم وصف العمليات الأنزيمية التي تؤدي إلى تكوين 5hmC و 5fC و 5caC بدقة ، كما قدمت الهياكل البلورية عالية الدقة لـ TET2 البشري وركائزه رؤى هيكلية للأنشطة الأنزيمية لأنزيمات TET. بالإضافة إلى ذلك ، هناك أدلة تدعم وجود مسار نشط ، ومستقل عن النسخ المتماثل لنزع ميثيل الحمض النووي ، والذي ينطلق بواسطة محور يعتمد على TET / TDG / BER. أخيرًا ، تم تعيين منتجات أكسدة السيتوزين بوساطة TET على مستوى النوكليوتيدات في ESCs وأسفرت عن رؤية مفصلة للنشاط الأنزيمي TET في الجسم الحي.

    ومع ذلك ، لا تزال العديد من الجوانب الأساسية لوظيفة البروتين TET غير معروفة. أولاً ، على الرغم من حقيقة أن طفرات TET وكذلك ضعف التحفيز بواسطة طفرات IDH قد ارتبطت بتعطيل أنماط مثيلة الحمض النووي ، إلا أنه لم يتم إثبات أن النشاط التحفيزي لبروتينات TET ضروري للوظيفة البيولوجية. يمكن لشغل البروتين TET وحده وتوظيف العوامل المساعدة لمواقع الهدف الجينومي أن يمثل جزءًا كبيرًا ، إن لم يكن كل ، من الوظائف الفسيولوجية لـ TET. ثانيًا ، تشير البيانات الحديثة إلى أن أكسدة 5mC بواسطة إنزيمات TET تتوقف بعد ترسيب 5hmC في العديد من المواقع الجينية. الأهمية النسبية لترسب الجينوم 5hmC ووظيفته المحتملة في نزع ميثيل الحمض النووي المعتمد على التكرار السلبي مقابل إزالة ميثيل الحمض النووي النشط بواسطة مسار TET / TDG / BER غير معروف حاليًا. ثالثًا ، الآليات التي تحكم توظيف إنزيمات TET في الحمض النووي ليست مفهومة تمامًا. على الرغم من أن الآليات المعتمدة على مجال CXXC قد تمثل جزءًا كبيرًا من التوطين الجيني TET ، فقد تلعب عوامل أخرى دورًا أيضًا. ستكون معالجة هذه الأسئلة جزءًا مهمًا من التحقيقات المستقبلية.

    هناك أيضًا فجوة كبيرة بين الفهم الآلي لإنزيمات TET وتأثيرها TET2 تغيرات في التطور الطبيعي ، تكون الدم قبل السرطان ، وتكوين الدم. كشفت الدراسات الحديثة للخلايا المكونة للدم الطبيعية والخبيثة عن دور TET2 على نطاق الجينوم في الحفاظ على حالة نقص الميثيل في المعززات. ترتبط زيادة مثيلة الحمض النووي ارتباطًا سلبيًا بإمكانية الوصول إلى الكروماتين وعلامات هيستون المرتبطة بالمعززات (Hon et al. 2014 Taberlay et al. 2014 Rasmussen et al. 2015). هكذا، TET2 يمكن أن تؤدي الطفرات والزيادة المصاحبة في مثيلة الحمض النووي إلى إضعاف نشاط المُحسِّن وتغيير الشبكة التنظيمية للجينات للخلية. ومع ذلك ، فإن الروابط المباشرة بين زيادة مثيلة الحمض النووي في المعززات ، والناتج النسخي ، والاستعداد للأمراض المكونة للدم لم يتم إنشاؤها بعد. من الممكن أن يؤدي نشاط TET المتغير في واحد أو عدد قليل من المواقع الجينومية الحاسمة إلى إحداث تغييرات خلوية تعزز التحول في النهاية. ومع ذلك ، فإن المحاولات الأولية للتعرف عليها وكذلك الجينات التي تنظمها لم تنجح. من ناحية أخرى ، قد تؤدي التغييرات المصاحبة لمثيلات الحمض النووي على عدد كبير من المعززات إلى زعزعة استقرار شبكات تنظيم الجينات ، وزيادة اللدونة الخلوية ، وزيادة مخاطر التحول الخلوي. قد يفسر الاضطراب اللاجيني الخفي ولكن الشامل لوظيفة المُحسِّن أيضًا سبب ارتباط الطفرات أو ضعف إنزيمات TET بمثل هذا النطاق الواسع من أنواع السرطان. هناك حاجة إلى مزيد من التحقيقات لتأكيد أو دحض هذين النموذجين المتباينين ​​، ومن المرجح أن تكشف عن التأثيرات العالمية والمتعلقة بالموقع.

    بغض النظر عن الأحداث الجزيئية الأساسية ، TET2 تؤدي الطفرات إلى تغيير أنماط مثيلة الحمض النووي وتضفي ميزة تنافسية على الخلايا الجذعية السرطانية التي غالبًا ما تؤدي بمرور الوقت إلى تحول خبيث. أسفر التدخل العلاجي ضد هذا الانحراف المبكر في مرضى AML و MDS و CMML باستخدام عوامل إزالة الميثيل (أزاسيتيدين وديسيتابين) عن نتائج غير حاسمة (Braun et al. 2011 Itzykson et al. 2011 Bejar et al. 2014 Meldi et al. 2015). على الرغم من أن بعض الدراسات تشير إلى ذلك TET2 ترتبط الطفرات باستجابة سريرية أفضل ، ولا يؤدي العلاج إلى زيادة البقاء على قيد الحياة. في الواقع ، بالنظر إلى تغيرات مثيلة الحمض النووي المنفصلة التي لوحظت في دراسات الفئران ، فمن غير المرجح أن يؤدي التخفيض العلاجي العالمي لمثيلة الحمض النووي إلى مواجهة تأثير تعديلات TET2 بكفاءة. بالإضافة إلى ذلك ، من غير المعروف ما إذا كانت الخلايا المحولة بالكامل تعتمد على الأولي TET2 طفره. من أجل استغلالها TET2 طفرات علاجية ، فهم أفضل للآليات الجزيئية التي تؤدي إلى التحول الخبيث والخبيث TET2 هناك حاجة إلى الخلايا الطافرة.


    شاهد الفيديو: تنوع الثدييات (أغسطس 2022).