معلومة

لا يوجد معرف جينات في ذروة التعليقات التوضيحية أثناء ChiP-Seq مع حزمة ChIPpeakAnno R

لا يوجد معرف جينات في ذروة التعليقات التوضيحية أثناء ChiP-Seq مع حزمة ChIPpeakAnno R


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أحاول إجراء تحليل Chip-Seq الذي تم وصفه بشكل كبير في تلك المحادثة: مقدمة عن Chip Seq. مثل مؤلف السؤال المذكور ، أنا طالب في الرياضيات التطبيقية وأنا أبذل قصارى جهدي لدخول مجالات المعلوماتية الحيوية.

أنا في الأساس في الوقت الحالي حيث أود أن أعلق على القمم بمعرفات الجينات. للقيام بذلك ، أستخدم ChIPpeakAnnoصحزمة من Bioconductor. لقد استخدمت الكود أدناه للتعليق على قراءاتي (مخرجات منMACS) بمعرف الجينات

> مكتبة (ChIPpeakAnno)> # data (package = "ChIPpeakAnno") $ results [، 3]> macsOutput <- toGRanges (data = "example_peaks.bed"، + format = "MACS")> data (TSS.human.GRCh37 )> macs.anno <- annotatePeakInBatch (macsOutput، + AnnotationData = TSS.human.GRCh37، + output = "المتداخلة"، maxgap = 5000L)> مكتبة (org.Hs.eg.db)> macs.anno <- addGeneIDs ( annotatedPeak = macs.anno، + orgAnn = "org.Hs.eg.db"، + IDs2Add = "رمز")>> لا توجد تعليقات توضيحية لبعض الجينات> as.character (head (as.data.frame (macs.anno ) رمز $)) [1] "PTCHD2" "PTCHD2" "PTGER3" NA "HFM1" NA

ولكن من المحتمل أنه لا توجد تعليقات توضيحية للجينات لبعض القمم. هل يمكن لأي شخص أن يخبرني لماذا قد يحدث هذا؟ وكيف نتجنب ذلك؟ هل هذا يشير إلىmaxgap = 5000 لترمعامل؟ عند إنشاء الإخراج منMACSلقد قمت بتعيين معلمة للطول ليكون 10000.


كان لي نفس المشكلة. بهذه الطريقة قمت بحلها ، وجدت الحل في مكان ما هنا ، ولا أتذكر أين ، وقد نجح الأمر معي.

macs.anno <- annotatePeakInBatch (gr_broadPeak، AnnotationData = TSS.human.GRCh38، output = "both"، maxgap = 5000L) macs.annoL = addGeneIDs (macs.anno، "org.Hs.eg.db"، c (" الرمز "،" genename "،" entrez_id ")) macs.annoDF = as.data.frame (macs.annoL) النتيجة = macs.annoDF [الذي (macs.annoDF $ الرمز! =" NA ") ،]


شاهد الفيديو: Trisomie 21 - Full Album Chapter IV - Le Je-Ne-Sais-Quoi Et Le Presque Rien (يونيو 2022).


تعليقات:

  1. Eyab

    اعذروني على ما ادرك انه تدخل ... هذا الموقف. يمكننا مناقشة.

  2. Nisida

    آسف للتدخل ... لكن هذا الموضوع قريب جدًا مني. يمكنني المساعدة في الإجابة.

  3. Zere

    من الجدير بالذكر ، إنها العبارة الثمينة

  4. Taran

    يتفق ، بالأحرى المعلومات المفيدة

  5. Donavan

    قنبلة



اكتب رسالة