We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
أحاول إجراء تحليل Chip-Seq الذي تم وصفه بشكل كبير في تلك المحادثة: مقدمة عن Chip Seq. مثل مؤلف السؤال المذكور ، أنا طالب في الرياضيات التطبيقية وأنا أبذل قصارى جهدي لدخول مجالات المعلوماتية الحيوية.
أنا في الأساس في الوقت الحالي حيث أود أن أعلق على القمم بمعرفات الجينات. للقيام بذلك ، أستخدم ChIPpeakAnnoصحزمة من Bioconductor. لقد استخدمت الكود أدناه للتعليق على قراءاتي (مخرجات منMACS) بمعرف الجينات
> مكتبة (ChIPpeakAnno)> # data (package = "ChIPpeakAnno") $ results [، 3]> macsOutput <- toGRanges (data = "example_peaks.bed"، + format = "MACS")> data (TSS.human.GRCh37 )> macs.anno <- annotatePeakInBatch (macsOutput، + AnnotationData = TSS.human.GRCh37، + output = "المتداخلة"، maxgap = 5000L)> مكتبة (org.Hs.eg.db)> macs.anno <- addGeneIDs ( annotatedPeak = macs.anno، + orgAnn = "org.Hs.eg.db"، + IDs2Add = "رمز")>> لا توجد تعليقات توضيحية لبعض الجينات> as.character (head (as.data.frame (macs.anno ) رمز $)) [1] "PTCHD2" "PTCHD2" "PTGER3" NA "HFM1" NAولكن من المحتمل أنه لا توجد تعليقات توضيحية للجينات لبعض القمم. هل يمكن لأي شخص أن يخبرني لماذا قد يحدث هذا؟ وكيف نتجنب ذلك؟ هل هذا يشير إلىmaxgap = 5000 لترمعامل؟ عند إنشاء الإخراج منMACSلقد قمت بتعيين معلمة للطول ليكون 10000.
كان لي نفس المشكلة. بهذه الطريقة قمت بحلها ، وجدت الحل في مكان ما هنا ، ولا أتذكر أين ، وقد نجح الأمر معي.
macs.anno <- annotatePeakInBatch (gr_broadPeak، AnnotationData = TSS.human.GRCh38، output = "both"، maxgap = 5000L) macs.annoL = addGeneIDs (macs.anno، "org.Hs.eg.db"، c (" الرمز "،" genename "،" entrez_id ")) macs.annoDF = as.data.frame (macs.annoL) النتيجة = macs.annoDF [الذي (macs.annoDF $ الرمز! =" NA ") ،]
اعذروني على ما ادرك انه تدخل ... هذا الموقف. يمكننا مناقشة.
آسف للتدخل ... لكن هذا الموضوع قريب جدًا مني. يمكنني المساعدة في الإجابة.
من الجدير بالذكر ، إنها العبارة الثمينة
يتفق ، بالأحرى المعلومات المفيدة
قنبلة