معلومة

ما هو مبدأ استخدام DMS (ثنائي ميثيل كبريتات) للتحليل البنيوي للـ rRNA؟

ما هو مبدأ استخدام DMS (ثنائي ميثيل كبريتات) للتحليل البنيوي للـ rRNA؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أريد التحقق من البنية الثانوية للـ rRNA (PTC) في موضع معين باستخدام البصمة DMS. لقد قمت بحذف النيوكليوتيدات المعدلة (m5c) الموجودة في PTC وهي تساعد في الاستقرار الهيكلي الريبوزومي. أنا مهتم بمعرفة ما بعد حذف النيوكليوتيدات المعدلة.

أنا أستخدم RNA المعالج بـ DMS مع تمديد التمهيدي. أنا لا أفهم المبدأ الأساسي لتفاعل DMS على RNA. هل يمكنك أن تشرح لي من فضلك.

لقد استخدمت هذه المقالة كمرجع:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2701642/


فيما يلي شرح جيد للنظرية والكيمياء الكامنة وراء بصمة DMS ، من الفصل 11 من سبر بنية الحمض النووي الريبي داخل الخلايا الحية :

في الجسم الحي مقايسة الفحص الكيميائي باستخدام كبريتات ثنائي ميثيل (DMS). (أ) ميثيلات DMS ذرة N1 من الأدينوزين وذرة N3 من السيتوزينات. كل من هذين الموضعين موجودان على وجه Watson-Crick للنيوكليوتيدات المعنية. (ب) مخطط الحمض النووي الريبي المنظم الذي يتفاعل مع بروتين يجند لتمثيل المخلفات التي يمكن الوصول إليها لتعديل DMS. (ج) تعيين المواضع المعدلة عن طريق النسخ العكسي. ينهي الإنزيم الامتداد بسبب العائق الفاصل من قبل مجموعة الميثيل الضخمة في وجه Watson-Crick لـ A و C. (د) يتم فصل تجمع (كدنا) على هلام تغيير طبيعة القياسية. تشير A و C إلى حارات التسلسل ، والتي تعتبر ضرورية لتعيين المواضع المعدلة. بالإضافة إلى ذلك ، يعد عنصر التحكم RT ، الذي يتم تحضيره من RNA المستخرج من الخلايا غير المعالجة ، ضروريًا لتحديد أي توقف طبيعي لـ RT (الممر -). تكشف مقارنة حارة التحكم RT مع تجمع cDNA الذي تم إنشاؤه من RNA المعدل باستخدام DMS (ممر +) مواقع التعديل. لاحظ أن النطاق الناتج عن تعديل DMS يهاجر نيوكليوتيد واحد أسرع من النطاق المقابل في حارة التسلسل ، لأن ddNTP مدمج في cDNA الناشئ ، بينما ينتج عن مجموعة الميثيل توقف واحد بقايا قبل التعديل.

أخذي - يضيف DMS مجموعة ميثيل على وجه الرابطة الهيدروجينية المكشوفة أ و ج القواعد. أرمل جs محمية إما بالبروتينات أو تفاعلات الاقتران الأساسي ليس مميثل. تمنع القواعد الميثيلية إنزيم النسخ العكسي ، مما ينتج عنه منتج DNA مبتور يمكن تصويره على مادة هلامية. تسمح المقارنة مع عنصر تحكم غير معالج باستدلال أي منها أرمل جيتم الكشف عن s من تسلسل الحمض النووي الريبي والمحمية ، والتي يمكن من خلالها استنتاج التشكل الأصلي للحمض النووي الريبي (أو تقييد الاحتمالات بشكل كبير).


شاهد الفيديو: الدايستوميرز (أغسطس 2022).